| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 901,694 | T→C | 12.0% | C513C (TGT→TGC) | ycjM → | predicted glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 901,694 | 0 | T | C | 12.0% | 325.0 / 22.2 | 173 | C513C (TGT→TGC) | ycjM | predicted glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/103); new base C (13/8); total (62/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
AATTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGT > minE/901626‑901757 | aatTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGt < 1:2314909/69‑1 (MQ=255) aTTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTgg < 1:1769412/68‑1 (MQ=255) aTTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTgg < 1:2903782/68‑1 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:540037/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:3206251/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:1312741/1‑69 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2298539/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2638123/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 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cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3211673/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3035985/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:3204537/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1375881/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:885883/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1263291/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:697686/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:808565/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1107345/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:1932768/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2049518/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCAAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTGTGACTGGATTGttt < 1:1170137/59‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGTATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2200324/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:899964/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:550077/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2191229/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2352742/69‑1 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:2833254/1‑60 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:1676265/1‑60 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:1144058/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:1280610/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2990787/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2917594/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCa > 1:3157429/1‑69 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCa > 1:948426/1‑69 (MQ=255) ccgagaagTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:1534611/66‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGTATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:2464085/69‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAAt > 1:2344485/1‑45 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:282749/1‑69 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:1633336/1‑69 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:352870/69‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:2028343/1‑69 (MQ=255) 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gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:3076549/1‑58 (MQ=255) gTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:637037/35‑1 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:1027670/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2184542/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:740964/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:3113792/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2842049/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:342319/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2895827/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2925104/1‑62 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:1458063/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:1799801/1‑61 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:2712389/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:1815335/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:3390890/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:213942/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTa < 1:1510697/69‑1 (MQ=255) cGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTa < 1:3013356/68‑1 (MQ=255) cGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTa < 1:2795767/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTaa < 1:2369433/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTaa < 1:465011/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:3192213/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:632094/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:248278/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2504374/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2767140/68‑1 (MQ=255) tGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:3025786/47‑1 (MQ=255) | AATTTTACCATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGT > minE/901626‑901757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |