| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 901,700 | T→G | 12.1% | T515T (ACT→ACG) | ycjM → | predicted glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 901,700 | 0 | T | G | 12.1% | 370.9 / 36.5 | 173 | T515T (ACT→ACG) | ycjM | predicted glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/103); new base G (13/8); total (62/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
ATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGT > minE/901635‑901757 | aTTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTgg < 1:1769412/68‑1 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:540037/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:1878983/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:1152412/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:1312741/1‑69 (MQ=255) gATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTg > 1:3178858/1‑69 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2091557/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:682941/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3354878/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2298539/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3054759/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:567008/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2638123/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1244288/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2427892/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3112809/69‑1 (MQ=255) aCGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:251150/69‑1 (MQ=255) cGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3380574/68‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:2665312/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:619967/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2758392/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2878654/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:697686/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2098216/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:808565/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:2020947/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1071037/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1107345/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1263291/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:1267338/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1375881/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:1493143/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:3035985/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:3189164/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:885883/59‑1 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:3204537/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:1932768/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt > 1:3208423/1‑59 (MQ=255) cATCCGTAATGCGTATTCAAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTGTGACTGGATTGttt < 1:1170137/59‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGTATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2200324/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:3018691/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2300183/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:554066/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:899964/69‑1 (MQ=255) tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2190743/69‑1 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:3416034/1‑60 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:1144058/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2273020/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2990787/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2917594/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCa > 1:3157429/1‑69 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCa > 1:948426/1‑69 (MQ=255) ccgagaagTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:1534611/66‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGTATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:2464085/69‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAAt > 1:3265424/1‑45 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAAt > 1:2344485/1‑45 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:282750/1‑69 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:1736524/69‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:282749/1‑69 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa > 1:1633336/1‑69 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:352870/69‑1 (MQ=255) ccAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGAGTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTa < 1:2253263/69‑1 (MQ=255) agaagTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:711384/68‑1 (MQ=255) agaagTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:3027953/68‑1 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:861833/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:967253/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:421650/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:518456/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2324636/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2177321/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2900326/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:1920880/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:261639/1‑58 (MQ=255) gTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGttt < 1:637037/35‑1 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:342319/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:740964/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:452090/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2842049/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2895827/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2925104/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:1027670/1‑62 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:3113792/1‑62 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:1799801/1‑61 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:3083583/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:1804418/1‑61 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:1643219/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:2032583/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:1458063/61‑1 (MQ=255) aCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:2712389/61‑1 (MQ=255) cGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTa < 1:2795767/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTaa < 1:2227725/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTaa < 1:2369433/68‑1 (MQ=255) gCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTaa < 1:465011/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:632094/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2355216/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:248278/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2504374/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2767140/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:3192213/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2970557/68‑1 (MQ=255) | ATTGATACGATTAATTCATCCGTAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGT > minE/901635‑901757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |