| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 901,719 | A→G | 18.6% | K522E (AAA→GAA) | ycjM → | predicted glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 901,719 | 0 | A | G | 18.6% | 170.9 / 26.7 | 112 | K522E (AAA→GAA) | ycjM | predicted glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/69); new base G (13/8); total (35/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.45e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.64e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGTTGATATATT > minE/901657‑901786 | tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGTATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2200324/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTTTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:1928486/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:899964/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2191229/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2352742/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:550077/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:554066/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2300183/69‑1 (MQ=255)tAATGCGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAata < 1:2395222/69‑1 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:3416034/1‑60 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:1676265/1‑60 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTaaa > 1:2833254/1‑60 (MQ=255) cGTATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAg < 1:1387624/69‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2917594/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2990787/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:1280610/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2719725/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:2339370/68‑1 (MQ=255) tATTCCAAGAAGTAACGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGc < 1:1144058/68‑1 (MQ=255) 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1:261639/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2900326/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2920687/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:3076549/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:3098387/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:421650/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:518456/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:861833/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:1920880/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2177321/1‑58 (MQ=255) gaagCAATGCGGATGGCGATTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCa > 1:2324636/1‑58 (MQ=255) aaCGCTGATGGTAATTGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa > 1:2704269/1‑62 (MQ=255) 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1:621361/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2970557/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2504374/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:2767140/68‑1 (MQ=255) gaTTGCCTGACGGGATTGTTTAATGTCAGTGAAAATATTCAGCATATAAATATTACTGACCTGCACGGt < 1:3192213/68‑1 (MQ=255) tGTCTGACTGGATTGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTaaa < 1:3025786/47‑1 (MQ=255) tGTTTAATGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTg < 1:2238664/69‑1 (MQ=255) aTGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGtt < 1:2214911/68‑1 (MQ=255) aTGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGtt < 1:310300/68‑1 (MQ=255) aTGTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGtt < 1:2800305/68‑1 (MQ=255) gTCAGTAAAAATATTCAGCATGTAAATATTACTAATCTGCATGGTCGGGATCTGATTAGTGAAGTTGa < 1:468743/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |