| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 917,203 | T→C | 9.9% | L182L (TTG→CTG) | tyrR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator, tyrosine‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 917,203 | 0 | T | C | 9.9% | 232.3 / 9.6 | 119 | L182L (TTG→CTG) | tyrR | DNA‑binding transcriptional dual regulator, tyrosine‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/77); new base C (4/8); total (34/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATCAACGATTCGTATGGGCCGCCAGTTGCAAAATGTCG > minE/917142‑917245 | tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGa > 1:1571836/1‑67 (MQ=255)tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATc > 1:1021604/1‑69 (MQ=255)tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATc > 1:1801837/1‑69 (MQ=255)tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATc > 1:721392/1‑69 (MQ=255)tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATc > 1:2054304/1‑69 (MQ=255)tACGCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATc > 1:2971372/1‑69 (MQ=255) gCCTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGT‑GTGATGTTGCGATCAAc < 1:1008240/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTATCTTCAGTATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATCAAc < 1:2171193/68‑1 (MQ=255) ccTGTTTATCTTCAGGATGAAAATGATCAACACGTCCTGACCGGTGCGGTGGTGATGTTGCGATCAAc < 1:2749616/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |