| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 936,253 | C→T | 36.1% | H230H (CAC→CAT) | fdnH → | formate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 936,253 | 0 | C | T | 36.1% | 64.1 / 54.5 | 94 | H230H (CAC→CAT) | fdnH | formate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/28); new base T (20/14); total (52/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
AACATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCTG > minE/936189‑936319 | aaCATGCTTGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:954946/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:3073082/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:295429/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:2742510/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:1541580/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:3191594/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:3219919/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:356164/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:1312134/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:462755/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:1685513/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:1714288/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:741854/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCg < 1:2013011/69‑1 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGcc > 1:454684/1‑68 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCg > 1:1818763/1‑69 (MQ=255)aaCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCg > 1:195593/1‑69 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:3097066/69‑1 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:3161162/69‑1 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:59861/69‑1 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:2382285/69‑1 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:1787883/69‑1 (MQ=255) aCATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGa < 1:2024369/69‑1 (MQ=255) cTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCt < 1:666430/69‑1 (MQ=255) cTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCt < 1:2165734/69‑1 (MQ=255) cTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCt < 1:920970/69‑1 (MQ=255) cGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACg < 1:2714381/69‑1 (MQ=255) cGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACg < 1:863789/69‑1 (MQ=255) cGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACg < 1:2453659/69‑1 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTAGGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2044433/1‑69 (MQ=25) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTTTGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2440953/1‑69 (MQ=25) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCatg > 1:2888418/1‑66 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCatg > 1:2163833/1‑66 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2997930/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:3433576/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2544856/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:3365907/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:1431720/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2703546/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:3108821/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:1290485/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:1663661/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:217634/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:682985/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:700071/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:762509/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:193457/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCATgg > 1:2897203/1‑69 (MQ=255) ggAAGGGGTCGGTGGTAAGCACGTTATGTACGTGCTGCATCATGCCGATCAGCAGGAGCTGTATCatg > 1:625041/1‑66 (MQ=25) gTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:1754126/1‑68 (MQ=255) gTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:1025330/1‑68 (MQ=255) gTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:2183263/1‑68 (MQ=255) gTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:860682/1‑68 (MQ=255) gtACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGAt > 1:3242493/1‑68 (MQ=255) gtACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGAt > 1:387317/1‑68 (MQ=255) gtACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGAt > 1:817731/1‑68 (MQ=255) gtACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGAt > 1:824951/1‑68 (MQ=255) aCGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:1608516/1‑59 (MQ=255) aCGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:1612326/1‑59 (MQ=255) aCGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:106259/1‑59 (MQ=255) aCGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:1899644/1‑59 (MQ=255) aCGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGcc > 1:2290653/1‑59 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:272707/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:1563961/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:929435/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:1977486/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:268316/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:2564954/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:1802839/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:2076696/69‑1 (MQ=255) gTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATc < 1:1759809/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:113190/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:927376/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:1091321/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:1095298/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:162360/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGa < 1:2394498/69‑1 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGAGCgt > 1:1121809/1‑68 (MQ=255) tATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCAGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGAGCgt > 1:1717443/1‑68 (MQ=255) tACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGacac < 1:2855779/68‑1 (MQ=255) cGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTc > 1:446842/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:2131095/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:717851/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:357867/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:354877/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:1091091/1‑69 (MQ=255) tCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCt > 1:219000/1‑69 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:652478/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:2143512/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:186689/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:1359722/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:143534/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:3193513/1‑68 (MQ=255) aCGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCtg > 1:1483654/1‑68 (MQ=255) | AACATGCTGGCGTCTACAACCCGGAAGGGGTCGGTGGTACGCACGTTATGTACGTGCTGCATCACGCCGATCAGCCGGAGCTGTATCACGGTCTGCCGAAAGATCCGAAGATCGACACCTCGGTAAGCCTG > minE/936189‑936319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |