| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 977,104 | T→C | 37.5% | I681V (ATA→GTA) | dcp ← | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 977,104 | 0 | T | C | 37.5% | 46.3 / 55.9 | 88 | I681V (ATA→GTA) | dcp | dipeptidyl carboxypeptidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/35); new base C (20/13); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.85e-01 | |||||||||||
CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGA > minE/977061‑977165 | ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:2650940/1‑69 (MQ=255)ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:3389798/1‑69 (MQ=255)ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:2080090/1‑69 (MQ=255)ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:2057722/1‑69 (MQ=255)ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:3226403/1‑69 (MQ=255)ctggcctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATc > 1:2268881/1‑69 (MQ=255) ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCa > 1:1540257/1‑68 (MQ=255) ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:1348333/1‑69 (MQ=255) ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:1451891/1‑69 (MQ=255) ctggcGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:3332064/1‑69 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAAt < 1:206769/67‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAAt < 1:605498/67‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAAt < 1:1902026/67‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:2949963/69‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:2412904/69‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:1774295/69‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:2057198/69‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:701054/69‑1 (MQ=255) gATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCt < 1:2251390/69‑1 (MQ=255) 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agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:3309619/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:2133516/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:1873280/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:1690549/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:2284191/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:307273/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:249590/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:1179914/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:2782952/69‑1 (MQ=255) agccaTTGGTGGTGTTTATACGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTGAGGTGCCTTAcc < 1:87416/69‑1 (MQ=255) 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ggtggtGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCAt > 1:2897498/1‑69 (MQ=255) gtgtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTc < 1:255846/69‑1 (MQ=255) gtgtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTc < 1:827582/69‑1 (MQ=255) gtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGa < 1:3203059/69‑1 (MQ=255) gtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGa < 1:2008964/69‑1 (MQ=255) gtTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGa < 1:2110130/69‑1 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:1459139/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:2932092/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:53150/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:1865936/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:2196503/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCAt > 1:2567121/1‑35 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGcc < 1:1620832/58‑1 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGcc < 1:2420964/58‑1 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGcc < 1:1827515/58‑1 (MQ=255) tataTGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGcc < 1:1062428/58‑1 (MQ=255) tGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTc < 1:764160/60‑1 (MQ=255) | CTGGCCTGGCGATATCTCAGGCCAGCCATTGGTGGTGTTTATATGTTCAAGCCACGATGTTGCAGCATCGGCATAATCTTAGGTGCCTTACCGCGCCATTGTCGA > minE/977061‑977165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |