| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 87,227 | A→C | 45.4% | G85G (GGA→GGC) | ddlB → | D‑Alanine:D‑alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 87,227 | 0 | A | C | 45.4% | 5.6 / 98.9 | 86 | G85G (GGA→GGC) | ddlB | D‑Alanine:D‑alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/38); new base C (25/14); total (34/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCTATGGCAAGGT > minE/87163‑87290 | gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:1083470/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:484561/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:2264016/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:2254429/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:2307022/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:2896097/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:1178914/69‑1 (MQ=255)gTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCGTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:830558/69‑1 (MQ=255) tCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCg < 1:915029/68‑1 (MQ=255) tGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGc < 1:177858/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGGTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1430592/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGGTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1435043/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:2896194/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1177004/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:3358109/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:680739/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1289172/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:711635/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1565270/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:2777175/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1412773/69‑1 (MQ=255) gAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:1441580/69‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCt < 1:2661635/68‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCt < 1:2660932/68‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCt < 1:770273/68‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCt < 1:909188/68‑1 (MQ=255) aCGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCt < 1:564881/68‑1 (MQ=255) agATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATa < 1:1549176/68‑1 (MQ=255) gATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATa < 1:2914712/68‑1 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCttt > 1:1211423/1‑57 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATaaa > 1:1752219/1‑68 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:3427018/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2830071/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2739871/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2354780/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:362277/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2464804/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2876063/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2783119/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:50780/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:983592/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1477273/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:737484/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1554133/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1562011/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:68132/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:671072/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1758501/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1885709/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:1917600/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2023137/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:585048/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2145397/1‑69 (MQ=255) tGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAAc > 1:2177574/1‑69 (MQ=255) cTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTa < 1:218619/69‑1 (MQ=255) cTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTa < 1:2295534/69‑1 (MQ=255) gAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCa < 1:2574131/42‑1 (MQ=255) gATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTc > 1:1148637/1‑48 (MQ=255) gATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTc > 1:2779171/1‑48 (MQ=255) gATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTc > 1:2493064/1‑48 (MQ=255) gATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTc > 1:2298665/1‑48 (MQ=255) gATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTc > 1:212941/1‑48 (MQ=255) ggCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACt > 1:9178/1‑68 (MQ=255) ggCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACt > 1:2905800/1‑68 (MQ=255) ggCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACt > 1:257707/1‑68 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:611836/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:1394410/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:890946/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:872006/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:1463684/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:1609926/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:2222270/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:2276055/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:460410/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:2400540/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:2587483/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:2676939/69‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTc < 1:2809981/68‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTc < 1:1691438/68‑1 (MQ=255) cTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTc < 1:144027/68‑1 (MQ=255) ttGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTc < 1:1673509/67‑1 (MQ=255) ttATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCTATGGc < 1:1551411/68‑1 (MQ=255) ttATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCTATGGc < 1:1271221/68‑1 (MQ=255) ataCCGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:1629282/61‑1 (MQ=255) aCCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCTATGGCAAGGt > 1:3428459/1‑69 (MQ=255) cGGCAGCGGAGTGATGGTATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCt < 1:1349629/57‑1 (MQ=255) | GTCGCGGCGGTGAAGATGGTACGCTGCAGGGGATGCTCGAGCTGATGGGCTTGCCTTATACCGGAAGCGGAGTGATGGCATCTGCGCTTTCAATGGATAAACTACGCAGCAAACTTCTATGGCAAGGT > minE/87163‑87290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |