| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 992,778 | A→G | 28.2% | L194L (TTA→TTG) | dmsD → | twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 992,778 | 0 | A | G | 28.2% | 134.8 / 58.2 | 131 | L194L (TTA→TTG) | dmsD | twin‑argninine leader‑binding protein for DmsA and TorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/32); new base G (14/23); total (76/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGT > minE/992710‑992836 | cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTa > 1:2081675/1‑69 (MQ=255)cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTa > 1:1666220/1‑69 (MQ=255)cacCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACAGTTa > 1:262688/1‑69 (MQ=255) cACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTa > 1:2443601/1‑69 (MQ=255) cACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTa > 1:2896523/1‑69 (MQ=255) tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:482455/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:246047/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:1173273/69‑1 (MQ=255) tGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTc < 1:1763002/69‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgt < 1:1349010/67‑2 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2794367/67‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:151269/67‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2488797/67‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2703054/67‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:11646/67‑1 (MQ=255) ttAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:393527/67‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1942218/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2079104/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2022156/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1051360/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2128990/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:2132952/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3188187/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3249686/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:3415568/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:625358/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1930680/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1093066/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1079259/69‑1 (MQ=255) tAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:1659126/69‑1 (MQ=255) aaCGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATc < 1:882802/68‑1 (MQ=255) cGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc < 1:2559847/68‑1 (MQ=255) cTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt < 1:3015127/69‑1 (MQ=255) ggCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCTCCGTaa < 1:442519/69‑1 (MQ=255) ggCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTaa < 1:3091196/69‑1 (MQ=255) gcgcAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTaa < 1:316329/68‑1 (MQ=255) tGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAgg < 1:2110579/52‑1 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTTCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 1:884300/1‑69 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCa > 1:1818657/1‑54 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAcc > 1:2303941/1‑56 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:697173/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:3046219/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:599300/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:325399/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:1838703/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:461307/1‑55 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1027311/1‑57 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1420814/1‑57 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:1266585/1‑57 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:261392/1‑57 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:2660466/1‑58 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCgg > 1:96290/1‑69 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCg > 1:2004313/1‑68 (MQ=255) gCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATAATGCCgg > 1:2683713/1‑69 (MQ=255) aaTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGccatg < 1:1252458/68‑4 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGacg > 1:89370/1‑67 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2680654/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:433556/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:1404482/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2852219/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2890584/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:1053790/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2469527/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:3164744/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTGATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTATTATTGCCGGATg > 1:2270910/1‑69 (MQ=255) aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:2059791/69‑1 (MQ=255) aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:220342/69‑1 (MQ=255) aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:634857/69‑1 (MQ=255) aTCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATg < 1:433968/69‑1 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCg > 1:3111580/1‑40 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:1933927/1‑41 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:298394/1‑41 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:220280/1‑41 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:2736568/1‑41 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGa > 1:2708127/1‑41 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAcc > 1:3049321/1‑51 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:2991258/1‑52 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:3310904/1‑52 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:3344933/1‑52 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:849459/1‑52 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCGGGATGGt > 1:2685224/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:969981/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1884446/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2025541/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1599454/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2381666/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:518433/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:2575508/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1396764/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:361287/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3391467/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3385783/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:1126624/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGt > 1:3191834/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATAGCCGGATGGt > 1:1538160/1‑69 (MQ=255) cacaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTCTTTCGa > 1:1301979/1‑41 (MQ=255) acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCAc > 1:1477683/1‑49 (MQ=255) acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCg > 1:269663/1‑51 (MQ=255) acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:84613/1‑52 (MQ=255) acaACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGt > 1:1608423/1‑52 (MQ=255) | CACCCTTTCTACCGTGCACTGGGTGAACTGGCTCGCTTAACGCTGGCGCAATGGCAATCACAACTGTTAATTCCTGTCGCGGTTAAACCGCTGTTTCGATAGGATCACCGTAATATTGCCGGATGGT > minE/992710‑992836 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |