| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 994,037 | C→A | 45.9% | F344L (TTC→TTA) | clcB → | predicted voltage‑gated chloride channel |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 994,037 | 0 | C | A | 45.9% | 26.6 / 87.6 | 85 | F344L (TTC→TTA) | clcB | predicted voltage‑gated chloride channel |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/9); new base A (8/31); total (45/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
TTTACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGC > minE/993969‑994099 | tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:1053372/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:2422546/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:2348452/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:1464277/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:682237/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:1651850/1‑69 (MQ=255)tttACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTc > 1:523410/1‑69 (MQ=255) cacCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCt < 1:3040214/68‑1 (MQ=255) cacCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCt < 1:787780/68‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:3233572/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:2915885/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:2767152/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:2114323/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:1871887/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:1804222/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:349701/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:1533161/69‑1 (MQ=255) ccGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGAt < 1:1397057/69‑1 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTacc > 1:3094441/1‑62 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATgg > 1:2936225/1‑68 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATgg > 1:1720665/1‑68 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATgg > 1:997487/1‑68 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATgg > 1:678317/1‑68 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATgg > 1:2975456/1‑68 (MQ=255) aCGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTCATgg > 1:812400/1‑68 (MQ=255) tATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAAt < 1:2533325/69‑1 (MQ=255) tATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAAt < 1:149408/69‑1 (MQ=255) tATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAAt < 1:1962051/69‑1 (MQ=255) tATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAAt < 1:884911/69‑1 (MQ=255) tATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAAt < 1:2279044/69‑1 (MQ=255) ccATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTAc > 1:193806/1‑69 (MQ=255) ccATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTAc > 1:1822003/1‑69 (MQ=255) ggCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGa > 1:1425821/1‑69 (MQ=255) ggCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGa > 1:3200021/1‑69 (MQ=255) ggCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGa > 1:2873284/1‑69 (MQ=255) cATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTACCTgtt < 1:3398379/40‑3 (MQ=255) aTGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTg < 1:3225273/69‑1 (MQ=255) ttgtATTGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:1144542/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATg > 1:3188369/1‑37 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGAt > 1:2181382/1‑64 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:318962/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:2730804/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:2589262/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:2978255/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:2403881/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:847561/1‑69 (MQ=255) ttgtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGAcc > 1:652709/1‑69 (MQ=255) gtATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCgg < 1:1071666/69‑1 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:3208219/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:2107634/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:2911783/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:279399/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:2305140/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATg > 1:3188417/1‑68 (MQ=255) gTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGA‑TGACCGGGATGGc > 1:1577411/1‑69 (MQ=255) tATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcg > 1:3264866/1‑68 (MQ=255) tATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACAGGGATGGCGACACTGTTggcg > 1:2318898/1‑68 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:3001598/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:2350653/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:2472398/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:1802395/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:1372221/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:3324678/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:1260195/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:2822616/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:2853735/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:2042201/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc > 1:3314580/1‑69 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcgg > 1:448499/1‑68 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcg > 1:1523985/1‑67 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcc > 1:3083059/1‑66 (MQ=255) aTGGTTCCCGGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcgg > 1:2870223/1‑68 (MQ=255) ggTTACCTTATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:3146514/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCTAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1840080/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:3099246/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:2619627/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:958844/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:930959/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:2568093/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1384318/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:717575/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:712064/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1928810/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1705177/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1783472/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:3124136/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:335757/67‑1 (MQ=255) ggTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:3188933/67‑1 (MQ=255) gTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:730870/66‑1 (MQ=255) gTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1573769/66‑1 (MQ=255) gTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:2348222/66‑1 (MQ=255) gTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTggcggc < 1:40328/66‑1 (MQ=255) gTTACCTGATGGCGAAGAAATTACGCTTTTACTCGGATTGACCGGAATGGCGACACTGTTggcggc < 1:1798546/66‑1 (MQ=255) | TTTACACCGACGCTATTTATCGGTCTTGCCATTGGCATGTTGTATGGTCGTAGCCTGGGATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGC > minE/993969‑994099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |