| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 87,815 | C→T | 39.7% | S281S (AGC→AGT) | ddlB → | D‑Alanine:D‑alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 87,815 | 0 | C | T | 39.7% | 50.7 / 64.1 | 98 | S281S (AGC→AGT) | ddlB | D‑Alanine:D‑alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/25); new base T (2/37); total (36/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGCTGGACAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGAA > minE/87747‑87873 | aTGCTGGACAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGc > 1:2870640/1‑69 (MQ=255)aTGCTGGACAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGc > 1:2766806/1‑69 (MQ=255) cAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGcc < 1:2556163/69‑1 (MQ=255) cAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGcc < 1:2453952/69‑1 (MQ=255) cAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGc > 1:1553716/1‑68 (MQ=255) cAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTAACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGcc > 1:372876/1‑69 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2248565/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1644362/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1795218/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1810736/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1929358/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1929925/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1972048/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:201733/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2037704/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2142380/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2196436/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:103136/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2341452/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:2447082/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:3196969/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:3306706/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:388803/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:496534/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1414063/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1483269/69‑1 (MQ=255) cGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1457685/69‑1 (MQ=255) gATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGAt < 1:1635044/68‑1 (MQ=255) gACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATggcgg > 1:2686526/1‑69 (MQ=255) gACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATggcgg > 1:1114102/1‑69 (MQ=255) ttATCTTCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:636215/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:394753/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:1345730/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:245538/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:2493408/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:207868/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:2856473/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:1459094/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:325545/1‑57 (MQ=255) ttATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGAt > 1:164873/1‑57 (MQ=255) ctgctgGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggc < 1:2324054/68‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:3121079/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1099735/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:3260578/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:534404/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1067100/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1605129/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:831214/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:837593/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1466677/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1911491/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:85474/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1430412/66‑1 (MQ=255) ggAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1426082/66‑1 (MQ=255) gAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:1350501/65‑1 (MQ=255) gAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:318924/65‑1 (MQ=255) gAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:2166453/65‑1 (MQ=255) tACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:1739899/1‑68 (MQ=255) tACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtc > 1:1930627/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg > 1:3270267/1‑56 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg > 1:1901423/1‑56 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg > 1:1228189/1‑56 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGt > 1:441641/1‑57 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:2213447/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:1094879/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:765245/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:265170/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:2920693/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:1396566/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:2101581/1‑67 (MQ=255) aCCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACCTCAGGCAGGTATGAGCTtct > 1:1079634/1‑67 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGa > 1:2794610/1‑60 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:1543735/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:326596/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:2690628/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:1368489/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc < 1:2822705/69‑1 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:3336998/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:1520563/1‑69 (MQ=255) ccTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGc > 1:1128905/1‑69 (MQ=255) cACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGG‑GCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:572835/51‑1 (MQ=255) gggTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGgt < 1:2433792/69‑1 (MQ=255) gggTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGgt < 1:2379880/69‑1 (MQ=255) gggTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGgt < 1:528902/69‑1 (MQ=255) ccAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTcaggcagg < 1:2818456/40‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:580533/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:1011655/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:874022/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:395865/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:3406880/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:3280183/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:3269908/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:3202804/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:2989046/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:2708617/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:234481/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:2311815/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:1377202/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:1415244/68‑1 (MQ=255) cAGCCACAGTCTGGTACCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGaa < 1:1893510/68‑1 (MQ=255) | ATGCTGGACAGCGATGGACAGTTTTATCTGCTGGAAGCCAATACCTCACCGGGTATGACCAGCCACAGCCTGGTGCCGATGGCGGCACGTCAGGCAGGTATGAGCTTCTCGCAGTTGGTAGTACGAA > minE/87747‑87873 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |