Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	998,295	G→A	49.2%	G302G (GGG→GGA)	ynfM →	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	998,295	0	G	A	49.2%	‑1.2 / 54.8	63	G302G (GGG→GGA)	ynfM	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (3/29);  new base A (23/8);  total (26/37)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998229‑998362                                                                   |                                                                    atCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg                                                                   >  1:625451/1‑69 (MQ=255) atCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCg                                                                   >  1:1545979/1‑69 (MQ=255)          ttATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGt                                                          <  1:300768/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1796021/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1002114/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:899671/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:69251/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1247093/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2113895/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:447907/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2267393/69‑1 (MQ=255)                      tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2927634/69‑1 (MQ=255)                       aCATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:749332/68‑1 (MQ=255)                               cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:1525499/69‑1 (MQ=255)                               cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2584511/69‑1 (MQ=255)                               cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:469427/69‑1 (MQ=255)                                tCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2904494/68‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3080814/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3183031/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1653512/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1703124/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1323377/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1200579/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1897403/64‑1 (MQ=255)                                 cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:2416289/64‑1 (MQ=255)                                            tgAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTgg                         <  1:1774192/67‑1 (MQ=255)                                                 cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:1177668/69‑1 (MQ=255)                                                 cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:3339088/69‑1 (MQ=255)                                                  aTGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtg                  >  1:3013537/1‑69 (MQ=255)                                                    gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:2134826/69‑1 (MQ=255)                                                    gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:320510/69‑1 (MQ=255)                                                    gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:3158277/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1759600/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:246171/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:2314768/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:517032/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:160661/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1737369/69‑1 (MQ=255)                                                           cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:597873/69‑1 (MQ=255)                                                            gCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:3052024/68‑1 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCtt          >  1:2463967/1‑66 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2717265/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2609114/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2170220/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:343238/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:359966/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2125056/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:106609/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1168827/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:882969/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:881708/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:136656/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1525890/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1725408/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2496458/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2166288/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2203509/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2370925/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2403125/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:49927/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2473143/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTCAGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2730608/1‑67 (MQ=255)                                                             cTATGGACGCGGTACGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2766085/1‑67 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:908900/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:857818/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:386345/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:116386/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:3300730/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1748475/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1326487/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1271284/1‑52 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:451872/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2568382/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2459033/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2217693/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:208890/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:755634/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:1368237/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:88353/60‑1 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1781219/1‑69 (MQ=255)                                                                  ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1127859/1‑69 (MQ=255)                                                                  ggCGT‑GTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:303907/59‑1 (MQ=255)                                                                   gCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:183883/59‑1 (MQ=255)                                                                   |                                                                    ATCGCTGGCTTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998229‑998362

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑