Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	998,298	T→C	38.3%	R303R (CGT→CGC)	ynfM →	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	998,298	0	T	C	38.3%	37.2 / 53.2	81	R303R (CGT→CGC)	ynfM	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (11/39);  new base C (23/8);  total (34/47)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-06
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.48e-01

TTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998238‑998362                                                             |                                                                 ttATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGt                                                          <  1:300768/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1002114/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:899671/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2927634/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2267393/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:2113895/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1247093/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:1796021/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:69251/69‑1 (MQ=255)             tACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:447907/69‑1 (MQ=255)              aCATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTc                                              <  1:749332/68‑1 (MQ=255)                      cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2584511/69‑1 (MQ=255)                      cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:469427/69‑1 (MQ=255)                      cTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:1525499/69‑1 (MQ=255)                       tCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGt                                     <  1:2904494/68‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:2416289/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1653512/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1703124/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3080814/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:3183031/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1200579/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1323377/64‑1 (MQ=255)                        cACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACggg                                        <  1:1897403/64‑1 (MQ=255)                                   tgAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTgg                         <  1:1774192/67‑1 (MQ=255)                                        cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:3339088/69‑1 (MQ=255)                                        cATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   <  1:1177668/69‑1 (MQ=255)                                         aTGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtg                  >  1:3013537/1‑69 (MQ=255)                                           gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:320510/69‑1 (MQ=255)                                           gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:2134826/69‑1 (MQ=255)                                           gACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACtgat                <  1:3158277/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1759600/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:597873/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:1737369/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:2314768/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:517032/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:160661/69‑1 (MQ=255)                                                  cGCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:246171/69‑1 (MQ=255)                                                   gCTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         <  1:3052024/68‑1 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCtt          >  1:2463967/1‑66 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2717265/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:106609/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2609114/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:882969/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:881708/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:343238/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:359966/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:49927/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2166288/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:136656/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1525890/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1725408/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2125056/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2170220/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2203509/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:1168827/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2370925/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2403125/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2473143/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCCGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2496458/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTCAGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2730608/1‑67 (MQ=255)                                                    cTATGGACGCGGTACGGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTa         >  1:2766085/1‑67 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:908900/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:116386/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:3300730/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:857818/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1271284/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:386345/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1748475/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACt                   >  1:1326487/1‑52 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:88353/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:755634/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:1368237/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:451872/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2568382/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:208890/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2217693/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:2459033/60‑1 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1127859/1‑69 (MQ=255)                                                         ggCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCt  >  1:1781219/1‑69 (MQ=255)                                                         ggCGT‑GTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:303907/59‑1 (MQ=255)                                                          gCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:183883/59‑1 (MQ=255)                                                             tGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCt           <  1:993220/56‑1 (MQ=255)                                                             |                                                                 TTATTTGACCGGTACATGGAGCTCACCCAAAGCCGGAACCATGACCACCCGCTATGGGCGTGGTCCAGTGATGTTGTTTTCGACGGGGGTTATGCTGTTTGGTTTACTGATGACCTTATTCAGCT  >  minE/998238‑998362

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑