| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,010,641 | T→C | 43.5% | V23V (GTT→GTC) | rstB → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,010,641 | 0 | T | C | 43.5% | 24.2 / 79.8 | 101 | V23V (GTT→GTC) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/29); new base C (19/25); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AAAAAACTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAACGCGCGGGCAAACAGTCGCTGGATGATTTGATGAACAG > minE/1010576‑1010706 | aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTGCCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:3240050/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1022243/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1925975/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTggg > 1:1267155/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2205651/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:360651/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1621087/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2088318/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:2135813/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1366209/1‑69 (MQ=255)aaaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCggg > 1:1107184/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTAGCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2763821/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:743535/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:170384/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:3044742/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:160929/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:1132739/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2669971/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:650109/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:3291877/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2633117/1‑69 (MQ=255) aaaaaCTGTTTATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGc > 1:2487803/1‑69 (MQ=255) tATCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACa < 1:2183555/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:3403735/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:2925909/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:1923314/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:2561540/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:1793347/68‑1 (MQ=255) tCCAGTTTTACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACaaa < 1:486296/68‑1 (MQ=255) 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ttACCTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTAccg > 1:1727113/1‑68 (MQ=255) ccTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTAccgccg < 1:1275617/68‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTTGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2133876/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3173303/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3133/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2672893/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:395399/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:774477/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1176646/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1179248/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3326203/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:3333333/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:141026/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:571619/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:2048379/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1666450/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:411014/57‑1 (MQ=255) cTGTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTCGGGCTGGTGTACaaa < 1:1775152/57‑1 (MQ=255) gTTATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcg < 1:823948/69‑1 (MQ=255) gTTATTGTTTGTCTGCTTCCTCGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcg < 1:1040970/69‑1 (MQ=255) tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:154104/1‑69 (MQ=255) tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:1671180/1‑69 (MQ=255) tATTGTTTGTCTGCTTCCTTGTGATGTCTCTGCTGGTTGGGCTGGTGTACAAATTTACCGCCGAAcgcg > 1:3405859/1‑69 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |