| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,011,820 | C→T | 21.5% | R416R (CGC→CGT) | rstB → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,011,820 | 0 | C | T | 21.5% | 131.9 / 24.6 | 92 | R416R (CGC→CGT) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/24); new base T (15/5); total (63/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGC > minE/1011752‑1011884 | gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGc < 1:1527934/69‑1 (MQ=255)gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGc < 1:2376078/69‑1 (MQ=255)gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGc < 1:2174448/69‑1 (MQ=255)gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGc < 1:915684/69‑1 (MQ=255)gTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGc < 1:1962885/69‑1 (MQ=255) cACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 1:1575071/68‑1 (MQ=255) cACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 1:1605804/68‑1 (MQ=255) cACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 1:2918893/68‑1 (MQ=255) cACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 1:2095991/68‑1 (MQ=255) cACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCtt < 1:2056576/68‑1 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTtctc > 1:3336427/1‑66 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCg > 1:1880235/1‑67 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCg > 1:1876342/1‑67 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCg > 1:36576/1‑67 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCg > 1:2346569/1‑67 (MQ=255) tataGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCg > 1:1107513/1‑67 (MQ=255) cTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTgg > 1:1103791/1‑69 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGTTTCTCGTTTAGCTGGcc > 1:2995116/1‑68 (MQ=255) aaTGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGtt > 1:3055183/1‑69 (MQ=255) 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gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg < 1:3343538/69‑1 (MQ=255) gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg < 1:1363058/69‑1 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATcc > 1:1414772/1‑49 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGa > 1:47937/1‑69 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGa > 1:2433774/1‑69 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGa > 1:1725592/1‑69 (MQ=255) gggTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg < 1:3282895/62‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:34874/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:1556468/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:242715/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:3303940/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:2784132/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:1359457/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:1512268/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:2018792/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:1236624/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACgcgc > 1:2307341/1‑69 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGCCATAACATCCCGCAATTTa < 1:1769326/48‑1 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGCTATGGCATAACATCCCGCAATTTa < 1:3235522/48‑1 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGGATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:2636454/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGTAATTTACCTCTGc > 1:1630169/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTg > 1:143688/1‑52 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:1247083/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:1238265/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:118147/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:2500411/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:143156/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:266508/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:3373826/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:336567/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:332538/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:3109342/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:3069902/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:3010405/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:2022562/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGc > 1:2212578/1‑53 (MQ=255) cGCTTCTCGTTCAGCTGGCCGTTATGGAATAACATCCCGCAATTTACCTCTg > 1:2134905/1‑52 (MQ=255) | GTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGC > minE/1011752‑1011884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |