| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,017,325 | G→T | 100% | W353C (TGG→TGT) | manA → | mannose‑6‑phosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,017,325 | 0 | G | T | 85.1% | 130.7 / 16.2 | 67 | W353C (TGG→TGT) | manA | mannose‑6‑phosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/0); new base T (41/16); total (51/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.74e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACCATTAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGTTGTGGAAAGGTTCTCAGCAGTTACAGCTTAAACCGGGTGAATCAGCGTTTATTGCCGCCAACGAATCACCGGT > minE/1017266‑1017393 | accaTCAGCCAGCAGAGTGCCTCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:3185909/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:1086144/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:2065535/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:2141680/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:2198716/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:2290361/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:2628497/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:1462394/1‑67 (MQ=255)accaTCAGCCAGCAGAGTGCCGCCATTTTGTTCTGCGTCGAAGGCGATGCAACGCTGTGTAAAGGtt > 1:274915/1‑67 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |