| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,018,961 | T→C | 16.5% | N473N (AAT→AAC) | ydgA → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,018,961 | 0 | T | C | 16.5% | 104.5 / 11.2 | 66 | N473N (AAT→AAC) | ydgA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/33); new base C (3/8); total (25/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGACCACCTTGCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGT > minE/1018893‑1019029 | cTGACCACCTTGCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAAt < 1:321283/69‑1 (MQ=255)cTGACCACCTTGCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAAt < 1:1619489/69‑1 (MQ=255) tGACCACCTTGCAGGACAATACCATCCCCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATg > 1:473514/1‑69 (MQ=255) gCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAAt > 1:877316/1‑69 (MQ=255) gCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAAt > 1:58282/1‑69 (MQ=255) gCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAAt > 1:2539232/1‑69 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTCAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:2644108/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAGATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:379804/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:1690159/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:637103/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:2771945/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:353388/69‑1 (MQ=255) caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:3400135/69‑1 (MQ=255) accaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:799703/68‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGTCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:388331/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2680072/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2419031/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2737774/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:452952/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:865554/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:1228274/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCAtc < 1:2810049/69‑2 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3125949/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3085297/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3025398/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3389384/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:116453/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2995506/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3425692/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3430311/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:365364/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:418819/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:52646/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:631336/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:673901/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:873748/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2100319/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1871578/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2511175/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1618288/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:265507/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1983358/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2741068/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1452599/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2784837/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2845258/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1995601/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1143340/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:286629/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGACAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3210585/1‑69 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3154733/68‑1 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2381707/68‑1 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:636796/68‑1 (MQ=255) cAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGTGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2956066/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:1903888/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:269786/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:1232117/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGAt > 1:3012663/1‑69 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGAt > 1:495025/1‑69 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:2108297/1‑36 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:220110/1‑36 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:699269/1‑36 (MQ=255) aaCGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2860855/46‑1 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:420558/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2115512/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2384048/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2518184/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:3273553/1‑46 (MQ=255) tGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:1980236/69‑1 (MQ=255) tGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:3065466/69‑1 (MQ=255) | CTGACCACCTTGCAGGACAATACCATCACCACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGT > minE/1018893‑1019029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |