| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,018,974 | T→C | 28.0% | S478P (TCG→CCG) ‡ | ydgA → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,018,974 | 0 | T | C | 28.0% | 82.1 / 34.5 | 82 | S478P (TCG→CCG) ‡ | ydgA | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/38); new base C (15/8); total (36/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
CACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGT > minE/1018922‑1019029 | caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTCAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:2644108/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAGATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:379804/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:3400135/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:637103/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:2771945/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:1690159/69‑1 (MQ=255)caccaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:353388/69‑1 (MQ=255) accaGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAACGGGCAGAAAATGCCACTGGAAGATTtcgt < 1:799703/68‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGTCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:388331/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2680072/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:865554/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2737774/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:1228274/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:2419031/69‑1 (MQ=255) caGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTgg < 1:452952/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCAtc < 1:2810049/69‑2 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3085297/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2741068/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:265507/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2784837/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:52646/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2845258/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:286629/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2995506/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3025398/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:873748/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3125949/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3389384/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3425692/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3430311/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:365364/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:418819/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1143340/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:631336/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:2511175/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:116453/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1983358/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1452599/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1618288/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2100319/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:1871578/1‑69 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:673901/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:1995601/69‑1 (MQ=255) cTGCAATATGCTAACGGACAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg > 1:3210585/1‑69 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:636796/68‑1 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:3154733/68‑1 (MQ=255) tGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2381707/68‑1 (MQ=255) cAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGTGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2956066/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:1232117/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:269786/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc < 1:1903888/66‑1 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGAt > 1:495025/1‑69 (MQ=255) tGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGAt > 1:3012663/1‑69 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:699269/1‑36 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:2108297/1‑36 (MQ=255) cAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTagaa > 1:220110/1‑36 (MQ=255) aaCGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:2860855/46‑1 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:3273553/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2115512/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2384048/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:2518184/1‑46 (MQ=255) tAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGc > 1:420558/1‑46 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGTAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:111778/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGTTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:1668352/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:459740/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:700570/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:1112237/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:3307260/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:3199003/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:2785612/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:252835/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:2258134/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:2091586/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:1712031/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:154314/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATGCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:1005547/3‑69 (MQ=255) acgggCAGAAAATGCCACTGGAAGATTTCGTGGGTATGTTTGCGATCCCGGCATTAAACGTTCCGGCTg > 1:901256/3‑69 (MQ=255) tGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:3065466/69‑1 (MQ=255) tGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:1980236/69‑1 (MQ=255) gggCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATg < 1:818790/36‑1 (MQ=255) gggCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:2527297/68‑1 (MQ=255) gggCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGt < 1:1804525/68‑1 (MQ=255) | CACCAGCCTGCAATATGCTAACGGTCAGATAACGTTAAATGGGCAGAAAATGTCGTTAGAAGATTTTGTTGGCATGTTTGCGATGCCAGCTCTTAACGTTCCGGCTGT > minE/1018922‑1019029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |