| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,020,048 | T→C | 66.8% | T165T (ACA→ACG) | uidC ← | predicted outer membrane porin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,020,048 | 0 | T | C | 66.8% | 53.2 / 31.8 | 66 | T165T (ACA→ACG) | uidC | predicted outer membrane porin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/14); new base C (15/29); total (23/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGGTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGC > minE/1019982‑1020113 | acaggTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGgtg > 1:2486418/4‑68 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCTCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1195260/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:74368/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1901670/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1890363/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2001764/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2750992/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2964942/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1822226/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:3009187/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:460872/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1634478/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:611568/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:670095/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:744467/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:82666/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:839597/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1362679/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1340565/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2301708/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1285253/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:1171178/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:996483/69‑1 (MQ=255) ggTTGTTGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2458351/69‑1 (MQ=255) ggTTGTT‑AATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:2091030/68‑1 (MQ=255) gttgttGAATCGGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:975180/68‑1 (MQ=255) gttgAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGc > 1:1025357/1‑68 (MQ=255) tgAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGccc < 1:2859776/68‑1 (MQ=255) tgAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGccc < 1:2947389/68‑1 (MQ=255) aGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAAc > 1:1324688/1‑68 (MQ=255) cATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTaa < 1:3160055/53‑1 (MQ=255) cATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAAt > 1:2810701/1‑69 (MQ=255) cATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAAt > 1:57442/1‑69 (MQ=255) cATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAAt > 1:1045692/1‑69 (MQ=255) cATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAAt > 1:1721226/1‑69 (MQ=255) cTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCa > 1:839718/1‑68 (MQ=255) cTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCa > 1:2366328/1‑68 (MQ=255) gTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTaa < 1:2445616/55‑1 (MQ=255) gTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTaa < 1:184018/55‑1 (MQ=255) gTGAACGCCACATTCCCCACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTaa < 1:1859870/55‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:1565901/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:109325/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:915501/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:816/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:1509602/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:704601/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:580172/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:1747893/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:2685249/69‑1 (MQ=255) ttCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATg < 1:1824142/69‑1 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCt > 1:3366341/1‑48 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:1784359/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:2038991/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:1292686/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:962575/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:2417925/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:1503713/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:1554046/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:3146949/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:686073/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:2038235/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:1613192/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:2245930/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTa > 1:487356/1‑69 (MQ=255) ccccACAGGTCAATATTTGGCGTTAAAGCCCAACAACCTAATGCTACTTCAGAAACTGTCgg > 1:1503286/1‑62 (MQ=255) tGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTgccagc < 1:880921/69‑1 (MQ=255) tGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTgccagc < 1:1757285/69‑1 (MQ=255) | ACCGGTTGTTGAATCAGTCCATAAAAATACTCGTGAACGCCACATTCCCCACAGATCAATATTTGGTGTTAAAGCCCAATAACCTAATGCTCCTTCAGAAACTGTCGGTAATGTACGTTGCGAACTGCCAGC > minE/1019982‑1020113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |