| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,049,623 | T→G | 33.1% | V223V (GTT→GTG) | ydhJ → | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,049,623 | 0 | T | G | 33.1% | 127.7 / 120.4 | 151 | V223V (GTT→GTG) | ydhJ | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/42); new base G (19/31); total (78/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGA > minE/1049559‑1049685 | taagcgAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:1416606/4‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:179802/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:3212772/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:1444513/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:359675/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:2988609/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:390846/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:2895543/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:2660626/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:680217/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:761648/1‑68 (MQ=255)tCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTcc > 1:828900/1‑68 (MQ=255) gTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTGTCCAGTAtcggtc < 1:2640830/69‑1 (MQ=255) gTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTGTCCAGTAtcggtc < 1:766655/69‑1 (MQ=255) gTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTGTCCAGTAtcggtc < 1:1617886/69‑1 (MQ=255) gTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTGTCCAGTAtcggtc < 1:3100861/69‑1 (MQ=255) tGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggtcg > 1:3291309/1‑69 (MQ=255) tGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAtcggtcg > 1:3056160/1‑69 (MQ=255) tGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTGTCCAGTAtcggtc < 1:1469403/68‑1 (MQ=255) 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1:1377840/63‑1 (MQ=255) aaCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGa > 1:567889/1‑68 (MQ=255) aaCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGa > 1:2832037/1‑68 (MQ=255) aaCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGa > 1:2421184/1‑68 (MQ=255) aaCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGa > 1:3152883/1‑68 (MQ=255) aCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGa > 1:2075062/1‑67 (MQ=255) aCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGAc > 1:1164257/1‑68 (MQ=255) aCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGAc > 1:1350167/1‑68 (MQ=255) aCAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGAc > 1:1328532/1‑68 (MQ=255) aCGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGc < 1:260490/69‑1 (MQ=255) gTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCt < 1:2355036/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |