| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,053,407 | A→G | 38.5% | S69P (TCA→CCA) | ydhL ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,053,407 | 0 | A | G | 38.5% | 69.3 / 92.7 | 135 | S69P (TCA→CCA) | ydhL | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/50); new base G (42/10); total (75/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.86e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AGATATGAGAGGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCGCAGC > minE/1053341‑1053462 | aGATATGAGAGGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:412919/68‑1 (MQ=255) agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:1017259/69‑1 (MQ=255) agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:896394/69‑1 (MQ=255) agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:2033915/69‑1 (MQ=255) agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:1556415/69‑1 (MQ=255) agagGAGTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:3122789/69‑1 (MQ=255) gaggagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:428228/68‑1 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt > 1:1586173/1‑65 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:2949417/1‑69 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:2100708/1‑69 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:25901/1‑69 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:1745515/1‑69 (MQ=255) gagTATACGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTAttt > 1:3140797/1‑69 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2361698/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2371047/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:1946984/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2672503/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2917271/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:980225/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:154202/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:3104286/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcgc > 1:2272633/1‑68 (MQ=255) taCGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTgcg > 1:2747607/1‑67 (MQ=255) cGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:2669592/50‑1 (MQ=255) cGCAAGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGAc < 1:639218/50‑1 (MQ=255) aaGATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCtt < 1:533448/55‑1 (MQ=255) gATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTg < 1:2348615/69‑1 (MQ=255) gATTAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTg < 1:3054830/69‑1 (MQ=255) ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCTGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAAttt > 1:652697/1‑66 (MQ=255) ttAGGTTCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTgcg > 1:2339097/1‑69 (MQ=255) 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ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:2212034/69‑1 (MQ=255) ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:1562314/69‑1 (MQ=255) ttCAAAAGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTa < 1:1883397/69‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACTCGTaa > 1:1694717/1‑54 (MQ=38) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTaa > 1:1524646/1‑54 (MQ=38) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATc > 1:1223560/1‑68 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2173437/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:599426/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1119663/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1083129/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:3307834/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1694820/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1803228/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:1836816/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2632797/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:205894/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2451220/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2013313/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2395309/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCg > 1:2416772/1‑69 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACTCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:894442/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:2183384/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:1104513/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:936708/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:1652598/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGGCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:121573/68‑1 (MQ=255) aaaGAGTGAT‑GTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGc > 1:3394372/1‑69 (MQ=255) aaGAGTGATGGTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATc < 1:2434502/67‑1 (MQ=255) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTAttta > 1:1077601/1‑36 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTaa > 1:230123/1‑44 (MQ=37) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:847871/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:318504/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:668064/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:1237320/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:3286518/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2259900/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2610347/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:1023237/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:391159/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:2670275/1‑51 (MQ=38) ggTTGCTCCGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTgcgc > 1:114311/1‑51 (MQ=38) gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:3120140/1‑69 (MQ=255) gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:2982767/1‑69 (MQ=255) gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaaa > 1:2479902/1‑69 (MQ=255) gTTGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACaa > 1:1308642/1‑68 (MQ=255) tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:105585/69‑1 (MQ=255) tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:3026458/69‑1 (MQ=255) tGCTCCGGTTCGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAgg < 1:724330/69‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1013384/68‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1448926/68‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:3074220/68‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:1754555/68‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGgcgc < 1:2187714/68‑1 (MQ=255) ccGGTTCGTCTGATGGCGCTGGCTTATTTACACGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCAGACAAAGgcgc < 1:1302213/68‑1 (MQ=255) gtgcGTCTGATGACGCTGGCTTATTTGCGCGTAATTTGCGCATTAATCGCTGCCGACAAAGGCgcagc < 1:2473829/65‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |