| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 92,349 | C→A | 74.1% | intergenic (+135/‑96) | lpxC → / → secM | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase/regulator of secA translation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 92,349 | 0 | C | A | 74.1% | 99.8 / 45.2 | 81 | intergenic (+135/‑96) | lpxC/secM | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase/regulator of secA translation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/17); new base A (50/10); total (54/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 | |||||||||||
GTTTTTTTTTGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATA > minE/92284‑92415 | gTTTTTTTTTGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGGTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCg > 1:822363/1‑68 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:1072394/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:2931842/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:2963164/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:2599000/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:2428449/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:2396026/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 1:344388/1‑69 (MQ=255) tttGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTACGCACAACtt > 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tataAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg < 1:215563/69‑1 (MQ=255) aaaaaCGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg > 1:1470345/1‑65 (MQ=255) aaaaaCGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg < 1:2652226/65‑1 (MQ=255) aaaaaCGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg < 1:2961282/65‑1 (MQ=255) aaaaaCGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg < 1:454209/65‑1 (MQ=255) aaCGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCtgtg < 1:3128922/53‑1 (MQ=255) ttCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATGTTCATTCGTGCTGTTGACTGCAGGCTTTAATGATAAGAtt > 1:1080383/1‑69 (MQ=255) ttCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGAtt > 1:985917/1‑69 (MQ=255) aCTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa < 1:1378593/69‑1 (MQ=255) aCTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa < 1:857853/69‑1 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:1507694/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:544308/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:196273/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2606461/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:433275/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2271971/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2469453/1‑68 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCa > 1:2802486/1‑39 (MQ=38) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGAttt > 1:1026554/1‑58 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTaaa > 1:2686364/1‑68 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:1868580/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:3310597/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:934944/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2818701/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2798441/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:1440904/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:1497301/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:667806/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:1537755/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:184213/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2426724/1‑69 (MQ=255) 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tttACGCACAACTTATATTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2737153/1‑69 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:1891926/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:612733/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:624653/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:795702/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:2076005/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:2235369/67‑1 (MQ=255) | GTTTTTTTTTGAATTTTATAAGAGCTATAAAAAACGGTGCGAACGCTGTTTTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATA > minE/92284‑92415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |