| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,071,798 | C→G | 47.2% | S217S (TCC→TCG) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,071,798 | 0 | C | G | 47.2% | 6.1 / 85.3 | 72 | S217S (TCC→TCG) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/14); new base G (15/19); total (39/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.27e-01 | |||||||||||
GCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGA > minE/1071739‑1071858 | gcggcgGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:966706/68‑1 (MQ=255)gcggcgGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:2992168/68‑1 (MQ=255)gcggcgGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:3092443/68‑1 (MQ=255)gcggcgGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:3415127/68‑1 (MQ=255)gcggcgGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:354469/68‑1 (MQ=255) gcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGata < 1:1094027/67‑1 (MQ=255) gcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGata < 1:2618462/67‑1 (MQ=255) gcggTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGata < 1:3144511/67‑1 (MQ=255) gtgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGt > 1:2344380/1‑69 (MQ=255) gtgtATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGt > 1:2436884/1‑69 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:506540/57‑1 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGt < 1:3115788/64‑1 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGt < 1:3112005/64‑1 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTaa > 1:2163082/1‑66 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAAc > 1:2182866/1‑67 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:2745860/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:2199325/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:1138851/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:208270/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:3098497/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:458499/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:1723555/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:3326735/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:548302/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:315451/1‑68 (MQ=255) ttGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACg > 1:1632869/1‑68 (MQ=255) gggTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGa > 1:790820/1‑67 (MQ=255) gTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGa < 1:1798038/53‑1 (MQ=255) gTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCAc > 1:2528317/1‑69 (MQ=255) gTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCAc > 1:1923343/1‑69 (MQ=255) gTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCAc > 1:312478/1‑69 (MQ=255) gTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCAc > 1:3168687/1‑69 (MQ=255) gTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCAc > 1:152900/1‑69 (MQ=255) tGCCATGGTTTCTAAGATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGt < 1:1095755/49‑1 (MQ=255) tGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCg > 1:1312472/1‑69 (MQ=255) ttttCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:2634566/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAATCCCGAt < 1:438685/69‑1 (MQ=255) gTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:1103953/69‑1 (MQ=255) gTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:900123/69‑1 (MQ=255) gTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:169490/69‑1 (MQ=255) gTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:2494882/69‑1 (MQ=255) tttCTTACATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCGAt < 1:492933/68‑1 (MQ=255) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:371985/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:2606583/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:927878/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1107394/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1178269/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1331224/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:3372982/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:3246860/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1634031/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1780806/59‑1 (MQ=38) cATTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:1609348/59‑1 (MQ=38) aTTAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCGAAGCCCg < 1:2239959/58‑1 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:1172495/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:306600/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:2155317/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:2733879/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:898264/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:2064647/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:641629/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:1149615/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:1850529/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:394073/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:3043954/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:2869420/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:350549/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:1644834/1‑51 (MQ=38) tAAACGCGCCCGCTCGATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCgaag > 1:1470554/1‑51 (MQ=38) aCGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGa < 1:563197/68‑1 (MQ=255) cccGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGa > 1:630092/1‑68 (MQ=255) cccGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGa > 1:667816/1‑68 (MQ=255) | GCGGCGGTGTATTGGGTCATGTTCCTTGCCATGGTTTCTTACATTAAACGCGCCCGCTCCATGCGCGATATTCGTAACGAAAAAGGCACCGCAAAACCCGATCCTGCGGTTATGAAACGA > minE/1071739‑1071858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |