| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 92,382 | G→T | 61.8% | intergenic (+168/‑63) | lpxC → / → secM | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase/regulator of secA translation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 92,382 | 0 | G | T | 61.8% | 52.4 / 93.2 | 102 | intergenic (+168/‑63) | lpxC/secM | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase/regulator of secA translation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/24); new base T (32/31); total (47/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TTCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAATATGATCGGGATGGCAAT > minE/92334‑92441 | ttCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATGTTCATTCGTGCTGTTGACTGCAGGCTTTAATGATAAGAtt > 1:1080383/1‑69 (MQ=255)ttCTTAAGCACTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGAtt > 1:985917/1‑69 (MQ=255) aCTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa < 1:857853/69‑1 (MQ=255) aCTTTTCCGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa < 1:1378593/69‑1 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:196273/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:433275/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:544308/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:1507694/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2271971/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2606461/1‑68 (MQ=255) cTTTTACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTa > 1:2469453/1‑68 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCa > 1:2802486/1‑39 (MQ=38) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGAttt > 1:1026554/1‑58 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTaaa > 1:2686364/1‑68 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2323628/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2253655/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2636357/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2798441/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 1:2818701/1‑69 (MQ=255) tttACGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAAt > 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ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:2235369/67‑1 (MQ=255) ccGCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATa < 1:795702/67‑1 (MQ=255) gCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGt < 1:2599555/68‑1 (MQ=255) gCACAACTTATCTTCATTCGTGCTGTGCACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGt < 1:2658178/68‑1 (MQ=255) taCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:501789/62‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCTCTAAATACg < 1:947246/63‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:1688495/63‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:1580750/63‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:1634532/63‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:1868265/63‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:3254422/63‑1 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1:842764/69‑1 (MQ=255) aaCTTATCTTCAATCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGaa < 1:2776692/69‑1 (MQ=255) aCTTATCTTGATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:877020/1‑69 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTTCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:811364/62‑1 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:515445/62‑1 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTTCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACg < 1:3160751/62‑1 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:449311/1‑69 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:2398556/1‑69 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:1137319/1‑69 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:883835/1‑69 (MQ=255) aCTTATCTTCATTCGTGCTGTGGACTGCAGGCTTTAATGATAAGATTTGTGCGCTAAATACGTTTGAat > 1:2095886/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |