| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,082,519 | T→C | 34.6% | intergenic (‑351/+104) | ydhY ← / ← ydhZ | predicted 4Fe‑4S ferridoxin‑type protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,082,519 | 0 | T | C | 34.6% | 13.5 / 11.2 | 26 | intergenic (‑351/+104) | ydhY/ydhZ | predicted 4Fe‑4S ferridoxin‑type protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/3); new base C (6/3); total (20/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
TTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAG > minE/1082471‑1082585 | ttCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTc > 1:1391457/1‑69 (MQ=255) aataaCTTTATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGaa < 1:3050764/69‑1 (MQ=255) aataaCTTTATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGaa < 1:2828623/69‑1 (MQ=255) aataaCTTTATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGaa < 1:522912/69‑1 (MQ=255) aagaTTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGa < 1:2834312/66‑1 (MQ=255) aaCATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGa < 1:1340680/69‑1 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc < 1:3396549/69‑1 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc > 1:911413/1‑69 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc > 1:2738524/1‑69 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc > 1:515807/1‑69 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc > 1:606093/1‑69 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAAc > 1:284123/1‑69 (MQ=255) tATCGCTATAAATTAAAATACACACCGAAATTCATATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAAAGATTAAc > 1:1121417/1‑69 (MQ=255) ttAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAAc > 1:476716/1‑68 (MQ=255) ttAAAATACATACAGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAAc > 1:2048013/1‑68 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:2748142/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:2998493/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:2676288/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:3290903/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:3350580/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:2554802/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:504133/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:1759871/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:1331746/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:125097/1‑42 (MQ=255) aaaaTACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTAtt > 1:706663/1‑42 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:1068052/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:2900043/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:2590538/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:256338/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:2169161/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:2163878/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:2097202/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:1914250/1‑68 (MQ=255) acatacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCa > 1:1049510/1‑68 (MQ=255) catacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCaa > 1:2686260/1‑68 (MQ=255) catacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCaa > 1:3187682/1‑68 (MQ=255) catacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCaa > 1:75962/1‑68 (MQ=255) catacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAg > 1:1902862/1‑69 (MQ=255) catacCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAg > 1:1117171/1‑69 (MQ=255) cataaCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCaa > 1:2483002/1‑68 (MQ=255) | TTCATTGCAGAAAATAAAAATAACATTATCGCTATAAATTAAAATACATACCGAAATTCGTATAATTTCAGCAGTTGTTATTTAGAATGATTAACTGGACCGCAACTGAAGCAAG > minE/1082471‑1082585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |