| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 92,519 | T→C | 37.9% | V25V (GTT→GTC) | secM → | regulator of secA translation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 92,519 | 0 | T | C | 37.9% | 26.7 / 35.9 | 58 | V25V (GTT→GTC) | secM | regulator of secA translation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/13); new base C (12/10); total (35/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
ATACTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCAAAAGCGACAAC > minE/92454‑92587 | aTACTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgct > 1:596662/1‑68 (MQ=255)aTACTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcg > 1:2247721/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:1481355/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:182470/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:159622/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:1554964/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:2816378/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:2965767/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:1267858/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:1237317/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:3273696/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:431483/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:1077642/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:899401/1‑69 (MQ=255) cTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTgcggcg > 1:102903/1‑69 (MQ=255) gcgcTGGCGACCGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:2326940/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:1464167/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:1551366/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:162236/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:2613626/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:2546678/68‑1 (MQ=255) gACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTg < 1:2418201/68‑1 (MQ=255) gACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTg < 1:2364368/68‑1 (MQ=255) cAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGtt < 1:1520289/58‑1 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgcg > 1:1066299/1‑67 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgcg > 1:1160474/1‑67 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgcg > 1:1180597/1‑67 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:3089473/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:1960925/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:2936499/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:2806985/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:2782746/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:2641210/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:3230014/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:257441/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:2507671/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:516621/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:1672327/1‑66 (MQ=255) tGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTgca > 1:1125811/1‑66 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCa > 1:725004/1‑69 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCa > 1:1982334/1‑69 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCa > 1:307696/1‑69 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:1446849/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:3354960/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:365899/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:398864/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:674866/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:3339371/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:3295078/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:1663367/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:1025481/69‑1 (MQ=255) aaCGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTCGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCACTCAGCa < 1:2213224/69‑1 (MQ=255) cTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGccgccg > 1:913284/1‑68 (MQ=255) tctTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACgcgc > 1:490452/1‑69 (MQ=255) aGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCTAACCAAACGCGCCCGCaaa < 1:356282/69‑1 (MQ=255) aGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCaaa < 1:2327951/69‑1 (MQ=255) aGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCaaa < 1:1871891/69‑1 (MQ=255) aGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCaaa < 1:1877497/69‑1 (MQ=255) tGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCAAAAGc > 1:2531307/1‑63 (MQ=255) tGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCAAAAGCGACAAc > 1:1645088/1‑69 (MQ=255) | ATACTGACGCGCTGGCGACAGTTTGGTAAACGCTACTTCTGGCCGCATCTCTTATTAGGGATGGTTGCGGCGAGTTTAGGTTTGCCTGCGCTCAGCAACGCCGCCGAACCAAACGCGCCCGCAAAAGCGACAAC > minE/92454‑92587 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |