| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,087,369 | C→T | 51.5% | G282G (GGG→GGA) | sufS ← | selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,087,369 | 0 | C | T | 51.5% | ‑4.1 / 57.1 | 64 | G282G (GGG→GGA) | sufS | selenocysteine lyase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/15); new base T (21/12); total (37/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCT > minE/1087303‑1087437 | cTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGccccc > 1:1260866/1‑69 (MQ=255)cTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGccccc > 1:1702736/1‑69 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:967305/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:2167880/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:2207943/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:456891/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:187646/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:1845643/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:2560684/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:1736633/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:2581662/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:3171479/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:1300905/69‑1 (MQ=255) cGGCAATGTTGTTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCgg < 1:2885617/69‑1 (MQ=255) cTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGt < 1:3201161/67‑1 (MQ=255) aTGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTg < 1:2471674/69‑1 (MQ=255) aTGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTg < 1:2641708/69‑1 (MQ=255) tgttgtTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCGGTGTTgg > 1:3261112/1‑69 (MQ=255) tgttgtTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCGGTATTgg > 1:2365854/1‑69 (MQ=255) 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aCTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTg < 1:3237951/69‑1 (MQ=255) aCTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTg < 1:1621249/69‑1 (MQ=255) aCTCAAGCGCCGCGCCAAGGCCAATAATACCTCCGGTATTGGGCGTACCGGCTTCAAACCGCCACggcg > 1:1223514/1‑67 (MQ=255) cTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGTTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:2070141/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTg < 1:2623709/68‑1 (MQ=255) cTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGc > 1:826535/1‑69 (MQ=255) cTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATT‑GGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCt > 1:188798/1‑69 (MQ=255) aGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt < 1:2344288/68‑1 (MQ=255) aGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt < 1:854177/68‑1 (MQ=255) aGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGt < 1:522720/68‑1 (MQ=255) cAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCtt < 1:1227848/69‑1 (MQ=255) atgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc > 1:2316863/1‑68 (MQ=255) atgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTc > 1:2527661/1‑68 (MQ=255) atgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa > 1:2729932/1‑69 (MQ=255) atgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa > 1:1899092/1‑69 (MQ=255) atgatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa > 1:3278674/1‑69 (MQ=255) gatgCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCa > 1:743892/1‑67 (MQ=255) cccGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCt < 1:2817265/69‑1 (MQ=255) | CTCGGCTATGTTATTAAGCCCCAGCGCCGAAACATACTCCAGCGCCGCGCCAAGACCAATGATGCCCCCGGTATTGGGTGTACCGGCTTCAAACCGCCATGGTGCTTTGGTCCAGGTAGTGCCTTCACTCAGGCT > minE/1087303‑1087437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |