| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,092,045 | T→C | 33.6% | Q11Q (CAA→CAG) | sufA ← | Fe‑S cluster assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,092,045 | 0 | T | C | 33.6% | 65.0 / 49.1 | 89 | Q11Q (CAA→CAG) | sufA | Fe‑S cluster assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/34); new base C (18/12); total (43/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCG > minE/1091978‑1092106 | ttGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCtt > 1:1831821/1‑69 (MQ=255)ttGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCtt > 1:1726175/1‑69 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:3379411/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:2774617/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:2648815/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:1033213/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:2231478/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:3168946/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:3232542/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:3289664/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:1721690/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:974180/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:962885/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:1073600/68‑1 (MQ=255) ggATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGtt < 1:970256/68‑1 (MQ=255) tgtgTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTg < 1:3011813/69‑1 (MQ=255) tgtgTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTg < 1:1556398/69‑1 (MQ=255) tgtgTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTAAAAGGTTCCTg < 1:1927174/69‑1 (MQ=255) tgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGaa > 1:2164098/1‑69 (MQ=255) tgtATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGaa > 1:3147713/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:2143095/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:3268834/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1181712/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:2283860/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:860516/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1701117/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1565559/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1542195/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:501191/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:289289/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:612699/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTACCTGAATGCa > 1:2019976/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGc > 1:1139326/1‑68 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:3140433/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:3087789/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:2398164/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1174483/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:268883/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1964487/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1632018/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1309899/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:523981/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1468163/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:515538/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:3433678/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1632248/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:837852/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:1227267/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCa > 1:3310958/1‑69 (MQ=255) tCGACGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCTTg > 1:1916789/1‑63 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:3290685/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:2300895/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:3017047/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:3434510/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:2989846/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:822712/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:278953/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:1043241/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:1088154/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:1276355/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:2486050/69‑1 (MQ=255) gccgcTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCCTGTGGATTAAAGGTTCCTGAATGCATg < 1:1541108/69‑1 (MQ=255) gCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTg < 1:1233415/55‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCg < 1:146927/67‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCg < 1:378698/67‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:2800454/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:1398041/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:1437552/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:2116708/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:2631588/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:3065057/68‑1 (MQ=255) ggTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGa < 1:2125424/68‑1 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGAttt > 1:2803786/1‑69 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGAttt > 1:2229205/1‑69 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGAttt > 1:1482325/1‑69 (MQ=255) tgtCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGAtt > 1:2014113/1‑68 (MQ=255) aaGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTc > 1:2372524/1‑69 (MQ=255) aaGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTc > 1:2229507/1‑69 (MQ=255) aaGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTc > 1:1780951/1‑69 (MQ=255) aaGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTc > 1:1951808/1‑69 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:397483/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:1484978/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:2380513/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:577561/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:745832/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:1270882/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:1196433/68‑1 (MQ=255) ccTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCAt < 1:2184485/68‑1 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGc > 1:2694303/1‑68 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCg > 1:414956/1‑69 (MQ=255) cGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCg > 1:2752177/1‑69 (MQ=255) | TTGCCACCAGCTCACGGATGTGTATCGCCGCTGCGGGTGTCAGCGTTAAGCCTTGCCAGGCGAAATCTTGTGGGTTAAAGGTTCCTGAATGCATGTCCATCGATTTACCTCACTTCATCGCTTTCAGCG > minE/1091978‑1092106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |