Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,100,643 T→C 20.0% F147F (TTT→TTC)  ydiN → predicted transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,100,6430TC20.0% 248.3 / 47.9 169F147F (TTT→TTC) ydiNpredicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (75/60);  new base C (30/4);  total (105/64)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01

Only 100 of 183 total aligned reads displayed.

GCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCT  >  minE/1100575‑1100711
                                                                    |                                                                    
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:961075/1‑69 (MQ=255)
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:925079/1‑69 (MQ=255)
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:2629430/1‑69 (MQ=255)
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:2594935/1‑69 (MQ=255)
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:2370455/1‑69 (MQ=255)
gcgcTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCAttt                                                                      >  1:2270406/1‑69 (MQ=255)
        ggAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCaaa                                                               >  1:2817017/1‑68 (MQ=255)
        ggAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCaaa                                                               >  1:1998920/1‑68 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCTATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:1424818/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGTCAAATg                                                             <  1:3304846/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:3158020/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:1544826/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:170162/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:2120180/69‑1 (MQ=255)
         gAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:1790896/69‑1 (MQ=255)
          aaTGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             <  1:2911704/68‑1 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAGAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:1239346/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:857874/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:2383829/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:1176449/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:2180340/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:909980/1‑69 (MQ=255)
            tGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTc                                                          >  1:2027329/1‑69 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGTTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:397366/65‑1 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:1845348/65‑1 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:1015255/65‑1 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:2542765/65‑1 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:3071445/65‑1 (MQ=255)
              cTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGt                                                            <  1:2474701/65‑1 (MQ=255)
                   cGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTAccc                                                     <  1:1884933/67‑1 (MQ=255)
                   cGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTAccc                                                     <  1:701950/67‑1 (MQ=255)
                   cGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTAccc                                                     <  1:2318662/67‑1 (MQ=255)
                    gAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCaa                                                   <  1:538082/68‑1 (MQ=255)
                    gAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCaa                                                   <  1:728914/68‑1 (MQ=255)
                       aGCCTCTGTTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCt                                               <  1:1181352/69‑1 (MQ=255)
                       aGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAAt                                                              >  1:2322758/1‑54 (MQ=255)
                       aGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATg                                                             >  1:2423046/1‑55 (MQ=255)
                       aGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCt                                               <  1:595775/69‑1 (MQ=255)
                        gCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCt                                               <  1:1436122/68‑1 (MQ=255)
                        gCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCAATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCt                                               <  1:1092596/68‑1 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:1370326/1‑68 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:16448/1‑68 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:571066/1‑68 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:2012267/1‑68 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:114996/1‑68 (MQ=255)
                               gTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:497657/1‑68 (MQ=255)
                                       ttCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               <  1:3093556/68‑1 (MQ=255)
                                       gTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               <  1:785224/69‑1 (MQ=255)
                                       gTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               <  1:840872/69‑1 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGGGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1753698/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTg                                           >  1:2958992/1‑56 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGc                                        >  1:825761/1‑59 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:2988474/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:3251550/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:286377/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:2607948/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1813614/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:2765049/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:2086994/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1716468/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1420878/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:2731443/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1062899/1‑68 (MQ=255)
                                        tCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACACaa                                                   >  1:1325835/1‑48 (MQ=38)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTTAGCTATATGTTGc                              >  1:3271377/1‑68 (MQ=255)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTg                               >  1:1873566/1‑67 (MQ=255)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGc                              >  1:3094993/1‑68 (MQ=255)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGc                              >  1:874647/1‑68 (MQ=255)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGc                              >  1:3164831/1‑68 (MQ=255)
                                         cATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGc                              >  1:2145738/1‑68 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTGTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:3324754/69‑1 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:1809422/69‑1 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:506815/69‑1 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:2245236/69‑1 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:2169068/69‑1 (MQ=255)
                                             cTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:862542/69‑1 (MQ=255)
                                               ggTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaataa                       <  1:2693536/69‑1 (MQ=255)
                                               ggTTAAAGCGATGGTGTCATTCGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaataa                       <  1:1251815/69‑1 (MQ=255)
                                                  tAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCaat                         <  1:3369833/64‑1 (MQ=255)
                                                      gCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTgg                <  1:2372837/69‑1 (MQ=255)
                                                      gCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTgg                <  1:814625/69‑1 (MQ=255)
                                                            gtgtCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGc          >  1:3149095/1‑69 (MQ=255)
                                                            gtgtCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGc          >  1:1828435/1‑69 (MQ=255)
                                                            gtgtCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGc          >  1:3087493/1‑69 (MQ=255)
                                                            gtgtCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGc          >  1:3045560/1‑69 (MQ=255)
                                                            gtgtCATTTGGGCAAATGTTATACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGc          >  1:1824124/1‑69 (MQ=255)
                                                               tCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTAt       >  1:433515/1‑69 (MQ=255)
                                                               tCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTAt       >  1:3020693/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:768771/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:1022487/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:2547326/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:303722/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:3058418/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:3400751/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:252422/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:308991/1‑69 (MQ=255)
                                                                 aTTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATgg     >  1:3350163/1‑69 (MQ=255)
                                                                    tGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCt  >  1:151541/1‑69 (MQ=255)
                                                                    tGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCt  >  1:1606125/1‑69 (MQ=255)
                                                                    tGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCt  >  1:2937861/1‑69 (MQ=255)
                                                                    |                                                                    
GCGCTCATGGAATGCTTTCCGAAAGCCTCTGGTTCGGCGGTCATACTGGTTAAAGCGATGGTGTCATTTGGGCAAATGTTCTACCCAATGCTGGTGAGCTATATGTTGCTCAATAATATCTGGTACGGCTATGGGCT  >  minE/1100575‑1100711

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑