| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,116,827 | C→T | 47.8% | G234G (GGC→GGT) | aroH → | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,116,827 | 0 | C | T | 47.8% | 9.0 / 79.6 | 94 | G234G (GGC→GGT) | aroH | 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/14); new base T (18/27); total (53/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATA > minE/1116771‑1116876 | cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc < 1:594927/68‑1 (MQ=255)cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc < 1:1743950/68‑1 (MQ=255)cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc < 1:382048/68‑1 (MQ=255)cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc < 1:1312351/68‑1 (MQ=255)cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc < 1:1472620/68‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:1904963/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:1722932/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:1627607/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:1817985/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:1822553/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:189163/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:3271945/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:2358432/69‑1 (MQ=255) aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:2434237/69‑1 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:2134589/63‑1 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:984605/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:3217497/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:3325426/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:2894151/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:2163547/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:2189850/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:1794457/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:2684826/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:1187980/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:878254/1‑69 (MQ=255) tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc > 1:848131/1‑69 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:2840416/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:936232/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:2075778/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:1030596/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:971625/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:3011795/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:2260647/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:1966634/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:1194314/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:821025/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:2734191/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:2691171/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:1510537/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:67277/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:404974/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa > 1:710046/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAACGAATTa > 1:726642/1‑58 (MQ=255) aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTAGCAAAAAACCGAATTa > 1:1348510/1‑58 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACTTTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:1458428/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:2676755/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:2940578/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:1480744/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:816647/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt > 1:1767173/1‑56 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCgatgat < 1:2137351/68‑1 (MQ=255) ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCgatgat < 1:2272090/68‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:922302/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:3176327/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:3219387/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:791546/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2171675/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2474696/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1711150/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1363406/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1958599/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1964005/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1999840/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1357974/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:20328/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2044558/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:216228/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2359763/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1240993/69‑1 (MQ=255) cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2466477/69‑1 (MQ=255) aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1292640/68‑1 (MQ=255) aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:1420543/68‑1 (MQ=255) aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat < 1:2478594/68‑1 (MQ=255) aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATCCCGATGatat < 1:3009306/68‑1 (MQ=255) gCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt < 1:932178/53‑1 (MQ=255) aaCCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa < 1:137340/69‑1 (MQ=255) aaCCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa > 1:1706743/1‑69 (MQ=255) tGGCCACATTATTTTGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:180852/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATTCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:1504426/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGTCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:2408774/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:1503894/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:1823560/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:1669851/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:609884/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:3225452/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:2030757/1‑47 (MQ=255) tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg > 1:2717863/1‑47 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATcg > 1:376207/1‑54 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:1643652/1‑69 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:1745754/1‑69 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:1907610/1‑69 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:3014437/1‑69 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:2988240/1‑69 (MQ=255) gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa > 1:1077869/1‑69 (MQ=255) | CAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATA > minE/1116771‑1116876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |