| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,124,414 | G→A | 50.0% | L408L (CTA→TTA) | pheT ← | phenylalanine tRNA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,124,414 | 0 | G | A | 50.0% | ‑1.3 / 101.9 | 110 | L408L (CTA→TTA) | pheT | phenylalanine tRNA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/36); new base A (48/7); total (67/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AATGTCAGTTACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTGGTGATATCAATTACCGGGCCAGCCTCAC > minE/1124349‑1124479 | aaTGTCAGTTACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGt < 1:3217520/69‑1 (MQ=255)aaTGTCAGTTACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGt < 1:328717/69‑1 (MQ=255)aaTGTCAGTTACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGAGCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGt < 1:3280264/69‑1 (MQ=255) ttACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTg < 1:2294362/69‑1 (MQ=255) ttACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTg < 1:667037/69‑1 (MQ=255) tACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGc > 1:24929/1‑69 (MQ=255) aacTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGtt > 1:1004625/3‑66 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGGCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTg > 1:3024091/1‑60 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:2457695/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:2177643/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:2153617/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:3234187/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:414498/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:1409697/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:1021729/1‑69 (MQ=255) aCCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCa > 1:1354820/1‑69 (MQ=255) cATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTc > 1:488859/1‑68 (MQ=255) cATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTc > 1:1784298/1‑68 (MQ=255) cATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTc > 1:829841/1‑68 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt > 1:1890200/1‑69 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:2295674/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:2515753/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:854857/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:20699/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt > 1:829563/1‑69 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt > 1:189721/1‑69 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:1499461/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:651236/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:1286129/69‑1 (MQ=255) atatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:3340097/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:754177/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2924942/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:3054749/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:625685/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:3348084/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:877931/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2471982/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:3427081/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2461778/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2675695/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2385339/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:1708381/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:1021391/69‑1 (MQ=255) tatGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:1609595/69‑1 (MQ=255) tgatgGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTg < 1:2294401/67‑1 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGAGGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:2859831/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:1812914/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:3148081/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:3145793/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:16503/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:1867091/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:1587233/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:1581989/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:590479/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:590486/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:2704724/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:1245077/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:2619007/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:72568/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:730994/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:2316235/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGtt > 1:1843558/1‑68 (MQ=255) ccGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTAGGCAGCGTTGCTTCGtta > 1:775116/1‑68 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:626773/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:1245410/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:1547594/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:1239666/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:2434944/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:2730410/69‑3 (MQ=255) cGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGttag < 1:1904440/69‑3 (MQ=255) tCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTGGTGa < 1:3190782/69‑1 (MQ=255) aGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:2566233/54‑1 (MQ=255) cAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGtt < 1:2000665/46‑1 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTGCCGGACCCGc > 1:3080051/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGAcccg > 1:2781480/1‑66 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGAcccg > 1:2259354/1‑66 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2213907/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:655910/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2613276/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:733083/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:3264000/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:794162/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:1191234/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:1190834/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:1128053/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:1316554/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:596333/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2791616/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2819316/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:516189/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2869241/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:411722/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:369502/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2931404/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:3423219/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:3382923/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:2986508/1‑69 (MQ=255) acgacgTAAAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTAGTGATATCAATTACCGGACCCGc > 1:1788423/1‑69 (MQ=255) gTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTGGTGATATCAATTACCGGGCCAGCCTcac < 1:1754980/69‑1 (MQ=255) gTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTGGTGATATCAATTACCGGGCCAGCCTcac < 1:2314668/69‑1 (MQ=255) | AATGTCAGTTACCTGCTCATCCGCAATATGATGGCCGATCAGGCGATCCAGTTTGCTACGACGTAGAGTGATGGTTGCACGCTTCGGCAGCGTTGCTTCGTTGGTGATATCAATTACCGGGCCAGCCTCAC > minE/1124349‑1124479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |