| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,130,925 | C→T | 36.7% | pseudogene (141/474 nt) pseudogene (141/1900 nt) |
arpB → arpB → |
ECK1718:JW5278:b1720; hypothetical protein, N‑ter fragment ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,130,925 | 0 | C | T | 36.7% | 56.9 / 51.2 | 87 | pseudogene (141/474 nt) pseudogene (141/1900 nt) | arpB arpB | ECK1718:JW5278:b1720; hypothetical protein, N‑ter fragment ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/24); new base T (11/21); total (42/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CACCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACAAA > minE/1130861‑1130992 | cacCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTaa > 1:2670435/1‑69 (MQ=255)cacCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTaa > 1:691426/1‑69 (MQ=255)cacCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTaa > 1:1271023/1‑69 (MQ=255)cacCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTaa > 1:1365823/1‑69 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:2073646/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:57359/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:580744/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:200965/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:2242262/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:26421/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:1456140/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:2552026/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:162908/69‑1 (MQ=255) ttCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:1591499/69‑1 (MQ=255) tcatcaGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTc < 1:1737701/68‑1 (MQ=255) tATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATa > 1:1511132/1‑69 (MQ=255) tATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATa > 1:3325308/1‑69 (MQ=255) tATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATa > 1:3329567/1‑69 (MQ=255) aaTCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACtgt > 1:2977613/1‑69 (MQ=255) aaTCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACtgt > 1:2553484/1‑69 (MQ=255) aaTCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACtgt > 1:2284775/1‑69 (MQ=255) aaTCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACtgt > 1:2250549/1‑69 (MQ=255) cAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAAttt < 1:372703/69‑1 (MQ=255) cAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAAttt < 1:3211354/69‑1 (MQ=255) cAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAAttt < 1:1646251/69‑1 (MQ=255) cAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAAttt < 1:658263/69‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2546151/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:559185/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2311904/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2205360/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2447468/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:31711/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:3131987/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2031594/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:892035/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:867740/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1247880/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1428116/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1463367/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1490438/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1608155/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1624084/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1714582/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1740137/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:1761137/47‑1 (MQ=255) gCTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:2003679/47‑1 (MQ=255) cTCATCACCCTACTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt < 1:3102512/46‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCTATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:2112968/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:45961/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:893217/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:2650227/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:718762/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:1193098/68‑1 (MQ=255) caCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:3225783/68‑1 (MQ=255) aCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCaa < 1:3423945/67‑1 (MQ=255) aCCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAAc > 1:1414448/1‑69 (MQ=255) cacTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATTCTGTCATACTGTGTTACTCATTAATTTACCGCaa < 1:2191038/64‑1 (MQ=255) tcTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:1645780/2‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:3366720/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:587787/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:979463/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:2830430/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:2674921/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:1249551/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:1509708/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:2144731/1‑35 (MQ=37) aCTTGATACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:2248674/1‑35 (MQ=37) aCTTGAGACCTCTTATTTAAGTTCGATGCTGTCAt > 1:3162/1‑35 (MQ=25) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:1093630/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:1114333/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:113005/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:1140476/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:1214879/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:599315/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:481921/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2303538/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2451280/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:366666/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2549010/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2716495/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2803952/1‑69 (MQ=255) ccTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAatat > 1:2964200/1‑69 (MQ=255) aCTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAgg > 1:468491/1‑36 (MQ=255) aCTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACaaa > 1:2016854/1‑69 (MQ=255) aCTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACaaa > 1:1512051/1‑69 (MQ=255) aCTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACaaa > 1:74487/1‑69 (MQ=255) aCTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACaaa > 1:3289362/1‑69 (MQ=255) | CACCTTCATCAGAGCCTATTAATCAATTTGCGCGCCAGCTCATCACCCTACTTGATACCTCTGACTTAAGTTCGATGCTGTCATACTGTGTTACTCAGGAATTTACCGCAAACTGTCGAAAAATATCACAAA > minE/1130861‑1130992 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |