| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,133,571 | G→A | 28.4% | T68T (ACC→ACT) | ydiY ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,133,571 | 0 | G | A | 28.4% | 74.4 / 27.2 | 70 | T68T (ACC→ACT) | ydiY | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/24); new base A (14/6); total (40/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTAGAAGAAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGATT > minE/1133505‑1133639 | atTAGAAGAAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCAtggt < 1:3054427/69‑1 (MQ=255)atTAGAAGAAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCAtggt < 1:2945093/69‑1 (MQ=255)atTAGAAGAAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCAtggt < 1:1561322/69‑1 (MQ=255) agaagaAGTATTACTGGCGTTCCCCCCCAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATggtggt > 1:2398193/1‑69 (MQ=255) agaagaAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATggtggt > 1:3200908/1‑69 (MQ=255) agaagaAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATggtggt > 1:809236/1‑69 (MQ=255) agaagaAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATggtggt > 1:2356169/1‑69 (MQ=255) agaagTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATGGTGGTGTc < 1:2647525/69‑1 (MQ=255) ttACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGt > 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(MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:2845301/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:2439582/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:1809863/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:2139490/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:2002121/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:1776746/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:1592143/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:1580432/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:600649/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:619955/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:818135/53‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGt < 1:1091143/53‑1 (MQ=255) 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< 1:114692/69‑1 (MQ=255) cATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCa > 1:2077155/1‑68 (MQ=255) cATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCa < 1:605532/68‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:904072/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:851494/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:2771765/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:1118046/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:1547709/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:468923/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:2143497/69‑1 (MQ=255) ggtggtGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCATGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGAtt < 1:3200724/69‑1 (MQ=255) | ATTAGAAGAAGTATTACTGGCGTTCCCCCACAGCGACCAGGCAGTGGTGTGTCCATACCAGGTCATGGTGGTGTCAGCCGTAAGTGAGGAGCTTTTCGTATTGCCTGATTGTGCAAGATATCCTGCGTTCAGATT > minE/1133505‑1133639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |