| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,137,810 | T→C | 31.9% | intergenic (+71/‑92) | yniC → / → ydjM | predicted hydrolase/predicted inner membrane protein regulated by LexA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,137,810 | 0 | T | C | 31.9% | 56.4 / 35.9 | 72 | intergenic (+71/‑92) | yniC/ydjM | predicted hydrolase/predicted inner membrane protein regulated by LexA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/38); new base C (21/2); total (32/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 | |||||||||||
CAGGGGCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGT > minE/1137744‑1137877 | cAGGGGCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTc < 1:302913/68‑1 (MQ=255)cAGGGGCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTc < 1:2299303/68‑1 (MQ=255)cAGGGGCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTc < 1:2194778/68‑1 (MQ=255) gCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCaa > 1:1484198/1‑65 (MQ=255) gCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCaa > 1:785328/1‑65 (MQ=255) gCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAAt > 1:541418/1‑66 (MQ=255) gATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAgaga < 1:3232657/69‑1 (MQ=255) aTCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAAGTGACGGATTAATCGTCAATTTAAgaga < 1:2845125/68‑1 (MQ=255) acTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAATTTGCATTCAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAAGAGt < 1:2757166/68‑1 (MQ=255) acTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAATTTGCATTCAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAAGAGt < 1:646008/68‑1 (MQ=255) ggTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:3182761/1‑69 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:1417597/1‑68 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:3001166/1‑68 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:2350757/1‑68 (MQ=255) gTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTc > 1:2294206/1‑68 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTACTCGTCAATTTaa < 1:479532/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:494941/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:194866/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:514590/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:990149/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:3252277/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:1828604/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:600728/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:1324327/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:904614/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:2998629/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:1437608/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTaa < 1:903641/46‑1 (MQ=255) cTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTcacca > 1:1838310/1‑69 (MQ=255) tCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTc < 1:820301/68‑1 (MQ=255) cAACTGTCGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa > 1:8427/1‑69 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2639455/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2037206/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:3261652/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:1882440/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2299715/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:1285118/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:1288976/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:623819/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa > 1:3043044/1‑69 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:1743710/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:1202058/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:771113/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2801959/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:75951/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATaaa < 1:2749666/69‑1 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAtgag > 1:812521/1‑36 (MQ=37) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:789312/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:85240/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:86712/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:297121/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:3398796/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1234601/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1420155/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1567346/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1710950/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1917708/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:1946814/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:2416422/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:2592493/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:263177/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:3156398/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:3242152/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:3389754/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:408890/1‑36 (MQ=255) cAACTGACGGATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagac > 1:1571731/1‑35 (MQ=38) cAACTGACGCATTAATCGCCAATTTAAGAGAAagag > 1:603078/1‑36 (MQ=37) tGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATc < 1:2557641/69‑1 (MQ=255) tGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATc < 1:2407799/69‑1 (MQ=255) ggATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCta < 1:2031209/68‑1 (MQ=255) gTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGt < 1:3324922/69‑1 (MQ=255) gTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGt < 1:515730/69‑1 (MQ=255) | CAGGGGCAGTGATCTCGCTGCCCCTGGTTCTTTATCTGAAATTGCATTCAACTGACGGATTAATCGTCAATTTAAGAGAAAGAGTTACACCGTCACCACTTCCGTGCACTGTATAAAAATCCTATACTGTACGT > minE/1137744‑1137877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |