| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,153,175 | G→C | 36.0% | Q48E (CAG→GAG) | spy ← | envelope stress induced periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,153,175 | 0 | G | C | 36.0% | 49.6 / 49.3 | 61 | Q48E (CAG→GAG) | spy | envelope stress induced periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/33); new base C (14/8); total (20/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153111‑1153238 | aTGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATg < 1:80670/68‑1 (MQ=255)aTGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATg < 1:1291147/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGTTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:2981408/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1139781/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1063965/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:2160546/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1323179/68‑1 (MQ=255) gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:448680/68‑1 (MQ=255) ggATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGGTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1593531/66‑1 (MQ=255) tCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGc < 1:1939222/69‑1 (MQ=255) ctgctgTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGcc > 1:1546706/1‑69 (MQ=255) tGCGCGGCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:746470/52‑1 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCtttat > 1:70812/1‑61 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:95937/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:630640/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:659087/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3201108/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3092703/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3074231/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2999221/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:753645/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:262395/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2449787/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2332292/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1369414/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1404990/1‑68 (MQ=255) aggttcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTc > 1:90849/1‑69 (MQ=255) tcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTcg > 1:2957181/1‑66 (MQ=255) tcaggtCTATGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCatcatc > 1:128455/1‑59 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3212581/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2379621/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2593092/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2400477/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3261856/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2992564/69‑1 (MQ=255) tGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGtg > 1:3080426/1‑69 (MQ=255) catGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGt > 1:2318355/1‑69 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:356488/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:2425400/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:729909/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:906374/69‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTTCGGTAg < 1:1931766/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2057650/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:158951/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:555549/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:626831/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:946727/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2676376/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:725069/68‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:889364/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1244604/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1305398/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1225528/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1509446/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3294378/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3172883/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2239846/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2676748/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:3298551/68‑1 (MQ=255) ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3074959/41‑1 (MQ=255) ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2088231/41‑1 (MQ=255) | ATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153111‑1153238 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |