Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 1,153,197 | G→A | 42.8% | H40H (CAC→CAT) | spy ← | envelope stress induced periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 1,153,197 | 0 | G | A | 42.8% | 12.8 / 34.5 | 49 | H40H (CAC→CAT) | spy | envelope stress induced periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/23); new base A (13/8); total (18/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
GCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153136‑1153238 | gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:95937/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2449787/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:262395/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2999221/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2332292/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3074231/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3092703/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3201108/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:630640/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:659087/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:753645/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1404990/1‑68 (MQ=255) gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1369414/1‑68 (MQ=255) aggttcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTc > 1:90849/1‑69 (MQ=255) tcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTcg > 1:2957181/1‑66 (MQ=255) tcaggtCTATGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCatcatc > 1:128455/1‑59 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3261856/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3212581/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2992564/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2593092/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2400477/69‑1 (MQ=255) tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2379621/69‑1 (MQ=255) tGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGtg > 1:3080426/1‑69 (MQ=255) catGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGt > 1:2318355/1‑69 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:2425400/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:356488/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:729909/69‑1 (MQ=255) gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:906374/69‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTTCGGTAg < 1:1931766/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:946727/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2057650/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2676376/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:725069/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:555549/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:626831/68‑1 (MQ=255) gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:158951/68‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1305398/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:889364/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1509446/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1244604/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3294378/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3172883/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2239846/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1225528/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2676748/42‑1 (MQ=255) tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:3298551/68‑1 (MQ=255) ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2088231/41‑1 (MQ=255) ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3074959/41‑1 (MQ=255) cTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:1589948/51‑1 (MQ=255) | GCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153136‑1153238 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |