| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,170,030 | C→T | 41.9% | intergenic (‑204/‑32) | ynjH ← / → gdhA | hypothetical protein/glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,170,030 | 0 | C | T | 41.9% | 45.4 / 83.5 | 115 | intergenic (‑204/‑32) | ynjH/gdhA | hypothetical protein/glutamate dehydrogenase, NADP‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/33); new base T (22/26); total (55/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTC > minE/1169968‑1170094 | cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:2645220/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:3388960/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:1574095/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:2587918/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:3191156/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:25186/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:25138/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:2108220/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:1036622/65‑1 (MQ=255)cGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATaa < 1:2693196/65‑1 (MQ=255) aTTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTaa < 1:1301478/68‑1 (MQ=255) aTTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTaa < 1:3405742/68‑1 (MQ=255) ttCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTAt > 1:565441/1‑64 (MQ=255) ttCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAata < 1:754138/69‑1 (MQ=255) ttCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAata > 1:2943414/1‑69 (MQ=255) ttCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAata < 1:2625686/69‑1 (MQ=255) ttCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAata > 1:173189/1‑69 (MQ=255) cTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAatat > 1:667013/1‑68 (MQ=255) cTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAatat > 1:1539875/1‑68 (MQ=255) 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1:3198359/1‑42 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:376062/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:527106/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:614900/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:2578679/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:2183138/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:124601/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc > 1:1775317/1‑69 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGttt < 1:1392120/63‑1 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc < 1:2402365/69‑1 (MQ=255) gAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc < 1:926851/69‑1 (MQ=255) 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aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAgg > 1:2723190/1‑49 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATc > 1:3373370/1‑67 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:3136870/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:753025/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:2608635/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:3137322/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:1847447/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:1292735/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:1018005/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:2076065/1‑68 (MQ=255) aaaGCACATGACATAAACAACATAAGCATAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCa > 1:591860/1‑68 (MQ=255) aaGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATc < 1:3163003/58‑1 (MQ=255) aaGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGa < 1:1200618/69‑1 (MQ=255) gCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACa < 1:840746/69‑1 (MQ=255) gCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACa < 1:210752/69‑1 (MQ=255) gCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACa < 1:1764596/69‑1 (MQ=255) acaTGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACata > 1:1769862/1‑69 (MQ=255) acaTGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACata > 1:2891178/1‑69 (MQ=255) acaTGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACat > 1:640203/1‑68 (MQ=255) caTGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACata < 1:2185631/68‑1 (MQ=255) tGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATtc < 1:52514/69‑1 (MQ=255) aacaacTTAAGCACAATCGTTTTAATATTTAAGGGTTTTATATc < 1:2628911/44‑1 (MQ=255) aacaacATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGa > 1:3143401/1‑68 (MQ=255) aacaacATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGa > 1:255095/1‑68 (MQ=255) aacaacATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGa > 1:639413/1‑68 (MQ=255) aacaacATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGa > 1:5497/1‑68 (MQ=255) caacaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGt < 1:2128448/68‑1 (MQ=255) acaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:1464665/69‑1 (MQ=255) acaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:240120/69‑1 (MQ=255) acaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:1018522/69‑1 (MQ=255) acaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:1264225/69‑1 (MQ=255) acaTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:382542/69‑1 (MQ=255) caTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAtt > 1:174811/1‑69 (MQ=255) caTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAtt > 1:2868286/1‑69 (MQ=255) caTAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCAtt > 1:2429713/1‑69 (MQ=255) caTAAGCACAATCGAATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGTATCAGACATATTCTCTGGAGTCAt < 1:1327856/68‑1 (MQ=255) aGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTc > 1:2148839/1‑69 (MQ=255) aGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTc > 1:1456961/1‑69 (MQ=255) aGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTc > 1:2931397/1‑69 (MQ=255) aGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTc > 1:2704181/1‑69 (MQ=255) | CGTCACATTCTTGATGGTATAGTCGAAAACTGCAAAAGCACATGACATAAACAACATAAGCACAATCGTATTAATATATAAGGGTTTTATATCTATGGATCAGACATATTCTCTGGAGTCATTCCTC > minE/1169968‑1170094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |