| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 99,394 | C→T | 49.5% | A357A (GCG→GCA) | hofC ← | assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 99,394 | 0 | C | T | 49.5% | ‑1.4 / 103.5 | 111 | A357A (GCG→GCA) | hofC | assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/34); new base T (19/36); total (41/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AATAATTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGCCGGATGC > minE/99331‑99459 | aataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCAt > 1:1389063/1‑69 (MQ=255)aataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCAt > 1:528749/1‑69 (MQ=255)aataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCAt > 1:542070/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCGGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2946822/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCTAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1176307/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:161125/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:457138/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:490571/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1458209/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1504972/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:134353/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:3393381/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1605041/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1868096/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2329666/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2333604/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2776654/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2678166/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1074124/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:1048823/1‑69 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAt > 1:2724586/1‑68 (MQ=255) ataatTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGATCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGTGCCAtt > 1:2775802/1‑69 (MQ=255) atTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATtgtg > 1:3141328/1‑69 (MQ=255) atTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATtgtg > 1:760213/1‑69 (MQ=255) atTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATtgtg > 1:2860205/1‑69 (MQ=255) atTCCTCCCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATtgtg > 1:2493454/1‑69 (MQ=255) tcctccCGTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGtt < 1:1405421/69‑1 (MQ=255) gTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCg < 1:2527570/68‑1 (MQ=255) gTTATGATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCg < 1:683267/68‑1 (MQ=255) 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gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:2294184/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:2825928/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:1141303/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:3145187/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:265614/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:1327486/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:1080193/68‑1 (MQ=255) gATCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:1343007/68‑1 (MQ=255) aTCAGCAACGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCgatgat < 1:3133626/67‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCg < 1:2075844/69‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCg < 1:3246412/69‑1 (MQ=255) cGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAg < 1:502595/69‑1 (MQ=255) cGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAg < 1:705002/69‑1 (MQ=255) cGCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAg < 1:1603948/69‑1 (MQ=255) gCCGGTTCCAGTAAGGCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAgg > 1:3278717/1‑69 (MQ=255) gCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCTATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATgaga > 1:2978762/1‑69 (MQ=255) gCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATgaga > 1:864447/1‑69 (MQ=255) gCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATgaga > 1:2977867/1‑69 (MQ=255) gCTGCGAGGTTATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATgaga > 1:1853889/1‑69 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGTTGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1370882/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATTATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:2800175/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:3004901/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:406801/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:157076/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:1535200/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:1735616/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:1336121/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:3173398/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:559139/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:576663/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2118385/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:1451106/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:3015452/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2120033/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2133674/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:29609/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2197762/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2930448/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2363038/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:2798738/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:718365/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTaa < 1:490887/58‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1292249/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1340646/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1019453/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:694031/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1177962/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1696118/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1765107/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:1885233/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:2614095/62‑1 (MQ=255) cGAGGTTATCCGCCAGTGCCATTGTGTTATCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATg < 1:2638437/62‑1 (MQ=255) tATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGc > 1:1428281/1‑69 (MQ=255) tATCCGCCAGCGCCATTGTGTTTTCCCGATGATGATGGGCGAGGTTGTCTAACATGAGATCCAGAGAGc > 1:3244212/1‑69 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |