| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,203,338 | G→A | 34.9% | L332L (CTG→CTA) | yoaD → | predicted phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,203,338 | 0 | G | A | 34.9% | 42.6 / 31.7 | 60 | L332L (CTG→CTA) | yoaD | predicted phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/28); new base A (18/3); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.82e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
GTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTCCCGATGAGTAGTCAGTTTCA > minE/1203271‑1203403 | gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:8599/69‑1 (MQ=255)gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:2647592/69‑1 (MQ=255)gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:2519896/69‑1 (MQ=255)gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:1330205/69‑1 (MQ=255)gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:2461119/69‑1 (MQ=255)gTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGa < 1:2210724/69‑1 (MQ=255) ggCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:472633/69‑1 (MQ=255) ggCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:1451656/69‑1 (MQ=255) ggCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:1486655/69‑1 (MQ=255) ggCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:1804637/69‑1 (MQ=255) ggCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGc < 1:1761461/69‑1 (MQ=255) gCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCt > 1:2865801/1‑69 (MQ=255) gCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCt > 1:1916848/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGGGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:1031366/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTa > 1:2914458/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:567384/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:466411/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3380338/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3341777/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:547940/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3153994/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3141139/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:172673/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3111970/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:3068019/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2982169/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2661839/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2577775/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:1599484/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2051392/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2552065/1‑69 (MQ=255) cTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTAACCCGCTa > 1:2565536/1‑69 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:1100991/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:107024/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:1245271/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:1041227/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:2244787/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:3125122/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:396259/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:2803129/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:488022/67‑1 (MQ=255) tttCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:145037/67‑1 (MQ=255) tCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:372418/65‑1 (MQ=255) tCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGAt > 1:83201/1‑68 (MQ=255) tCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGAt > 1:1019422/1‑68 (MQ=255) tCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGAt > 1:2904870/1‑68 (MQ=255) tCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGAt > 1:134321/1‑68 (MQ=255) ccTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCa > 1:679424/1‑68 (MQ=255) ccTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAg > 1:3113062/1‑69 (MQ=255) ccTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAg > 1:44156/1‑69 (MQ=255) ccTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAg > 1:1983031/1‑69 (MQ=255) tCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTAtgt < 1:3323248/43‑1 (MQ=255) aCATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTTAGCGCCATGTTTTccc < 1:921329/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTccc < 1:2902530/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTccc < 1:576192/69‑1 (MQ=255) catcatTTAATTGTGCCACTAACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTccca < 1:1372691/69‑2 (MQ=255) catcatTTAATTGTGCCACTAACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTccca < 1:910097/69‑2 (MQ=255) atcatTTAATTGTGCCACTAACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTccca < 1:426959/68‑2 (MQ=255) atTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTCCCGATGa < 1:3414336/69‑1 (MQ=255) aCTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTCCCGATGAGTAGTCAGTTTCa < 1:2107865/69‑1 (MQ=255) | GTCAGGGCTGGATTTCACCGGATGTGTTTATTCCTATCGCGGAAGAACATCATTTAATTGTGCCACTGACCCGCTATGTGATGGCAGAAACCATTCGTCAGCGCCATGTTTTCCCGATGAGTAGTCAGTTTCA > minE/1203271‑1203403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |