| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,207,129 | G→C | 39.5% | G44G (GGG→GGC) | manY → | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,207,129 | 0 | G | C | 39.5% | 51.2 / 75.3 | 81 | G44G (GGG→GGC) | manY | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/33); new base C (15/17); total (31/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGG > minE/1207063‑1207197 | aaTCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGa < 1:1217155/69‑1 (MQ=255)aaTCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGa < 1:3367515/69‑1 (MQ=255) cTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGatat > 1:915093/1‑68 (MQ=255) cTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGatat > 1:2006749/1‑68 (MQ=255) cTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGatat > 1:2111676/1‑68 (MQ=255) cTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGatat > 1:3391112/1‑68 (MQ=255) cGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGaa < 1:1659146/69‑1 (MQ=255) cGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGaa < 1:3186630/69‑1 (MQ=255) cGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGaa < 1:293368/69‑1 (MQ=255) cGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGaa < 1:2340736/69‑1 (MQ=255) gATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGaa < 1:1186000/68‑1 (MQ=255) tCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGtat < 1:167776/69‑1 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:2849273/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:1814994/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:2181206/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:2422254/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:2448806/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:3353032/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:2690204/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:1018558/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:3323541/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:3117648/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:3121458/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:332352/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:3236742/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:1578252/1‑51 (MQ=255) ttCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGCGata > 1:1489937/1‑51 (MQ=255) tCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGtattattat > 1:2826822/1‑69 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTTTTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:2940676/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:16029/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:504809/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:1201605/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:2946310/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:2698073/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:1302291/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:1398153/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:1459238/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:2308911/68‑1 (MQ=255) cgcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGa < 1:1229070/69‑1 (MQ=255) gcgTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTgg < 1:2129547/67‑1 (MQ=255) cccTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATg > 1:1766744/1‑65 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:1495791/68‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:1395819/68‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:303324/68‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:1625534/68‑1 (MQ=255) cTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:1465974/68‑1 (MQ=255) tggtggGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgc < 1:1814743/67‑1 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg < 1:1204067/69‑1 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg > 1:2994188/1‑69 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg < 1:715635/69‑1 (MQ=255) tATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctg < 1:3343699/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:1584468/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2129680/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:3185455/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:15312/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:1245991/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2801708/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:1518240/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:126497/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:1839084/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2550017/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:1320324/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2348212/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2347612/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2076075/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2110741/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2231826/69‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGGCGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg < 1:2180000/69‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATcgcg > 1:1144933/1‑59 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCgctgggctgg > 1:932019/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGAgctgggctgg > 1:1187170/1‑68 (MQ=255) cGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTTTTATTATCGGTGGTACGCTGGATATGATCGCgctgggctg < 1:662378/66‑1 (MQ=255) gTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATg > 1:2756693/1‑69 (MQ=255) gTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATg > 1:1178014/1‑69 (MQ=255) ttCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATg < 1:3013980/68‑1 (MQ=255) ttCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATg < 1:2420457/68‑1 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAAc > 1:2572702/1‑69 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAAc > 1:3361052/1‑69 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAAc > 1:1231143/1‑69 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAAc < 1:3426428/69‑1 (MQ=255) cTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAAc > 1:692725/1‑69 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATc < 1:68166/67‑1 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATc < 1:1120171/67‑1 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATc < 1:1039640/67‑1 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTA‑TATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCgg < 1:3231610/68‑1 (MQ=255) ggATATGAAAACCGGTATTA‑TATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCgg < 1:3227653/68‑1 (MQ=255) | AATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGG > minE/1207063‑1207197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |