| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,207,231 | T→C | 43.8% | S78S (TCT→TCC) | manY → | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,207,231 | 0 | T | C | 43.8% | 14.7 / 56.6 | 73 | S78S (TCT→TCC) | manY | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/30); new base C (20/12); total (31/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGC > minE/1207163‑1207293 | cTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCt > 1:521303/1‑69 (MQ=255) aaTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTTTATCAt < 1:2897/69‑1 (MQ=255) aaTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATc < 1:67082/67‑1 (MQ=255) aaTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt < 1:1664202/69‑1 (MQ=255) aaTGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAt < 1:3270494/69‑1 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:699646/1‑68 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:1615903/1‑68 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:2812403/1‑68 (MQ=255) tGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCAtt > 1:1318030/1‑68 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTc > 1:1917310/1‑68 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:3270785/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:2880178/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:514484/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:2735602/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:2623391/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 1:2270715/69‑1 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt > 1:1216844/1‑69 (MQ=255) aTCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 1:1036515/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCATTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:1344174/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:3332910/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:2817478/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:2600941/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:2178603/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:2163668/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:2345285/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:1496795/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:1229793/69‑1 (MQ=255) cgcgCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:1369992/69‑1 (MQ=255) gcgcTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTAc < 1:1314837/68‑1 (MQ=255) ctggATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGt < 1:2660134/69‑1 (MQ=255) ctggATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGt < 1:1487835/69‑1 (MQ=255) gcAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCt < 1:243687/39‑1 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1345971/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2682685/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1867251/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1473010/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:3003593/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:269810/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1248261/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1122053/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:586567/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1058068/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:769016/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:890565/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1676581/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2352306/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:23473/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1022544/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2105398/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2231406/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2308198/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtca > 1:2574838/1‑56 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2666770/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2359481/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2798465/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:1623452/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTgg < 1:885504/68‑2 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:427719/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1550025/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:572139/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:2146726/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1064214/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1873099/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:219470/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:2995286/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1526441/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1553846/68‑1 (MQ=255) tGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgt < 1:2562223/69‑2 (MQ=255) tGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgg < 1:2316635/69‑1 (MQ=255) gACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgg < 1:165396/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:847521/64‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:1563728/66‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:3113388/66‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGGCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:3066866/66‑1 (MQ=255) | CTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGC > minE/1207163‑1207293 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |