| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,207,243 | C→T | 61.6% | T82T (ACC→ACT) | manY → | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,207,243 | 0 | C | T | 61.6% | 23.0 / 32.4 | 52 | T82T (ACC→ACT) | manY | mannose‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/12); new base T (20/12); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
CTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTG > minE/1207183‑1207303 | ctggATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGt < 1:2660134/69‑1 (MQ=255)ctggATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGt < 1:1487835/69‑1 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1058068/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:890565/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:769016/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:586567/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:3003593/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:269810/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2682685/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2352306/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:23473/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2308198/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2231406/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:2105398/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1867251/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1345971/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1022544/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1122053/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1248261/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1676581/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtcat > 1:1473010/1‑57 (MQ=255) gcgcCTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGtca > 1:2574838/1‑56 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:1623452/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2359481/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2798465/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCa < 1:2666770/69‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTgg < 1:885504/68‑2 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:219470/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:2995286/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:427719/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:572139/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1873099/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:2146726/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1064214/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1526441/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1550025/68‑1 (MQ=255) ccTGACGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:1553846/68‑1 (MQ=255) tGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgt < 1:2562223/69‑2 (MQ=255) tGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgg < 1:2316635/69‑1 (MQ=255) gACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAgg < 1:165396/68‑1 (MQ=255) aCGCCGCTCTGGCTTCCATCATTTCTACTATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGc < 1:847521/64‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:3113388/66‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:1563728/66‑1 (MQ=255) ttCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGGCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGc < 1:3066866/66‑1 (MQ=255) ttCTACCATTGTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCAtt > 1:1446757/1‑37 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCGATCCCTCTg > 1:2922078/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:3051040/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:309065/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:2815246/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:2765658/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:673744/1‑67 (MQ=255) ttCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTg > 1:2553082/1‑67 (MQ=255) | CTGGATGAACATCGGTGCTGCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTG > minE/1207183‑1207303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |