| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,214,890 | A→G | 100% | L233L (TTA→TTG) | yebQ → | predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,214,890 | 0 | A | G | 76.5% | 93.5 / 21.4 | 72 | L233L (TTA→TTG) | yebQ | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/17); new base G (30/25); total (30/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTC > minE/1214822‑1214952 | aatgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:2557116/66‑1 (MQ=255)aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGTGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1006631/69‑1 (MQ=255)aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:2114747/69‑1 (MQ=255)aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1914456/69‑1 (MQ=255)aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1003137/69‑1 (MQ=255)aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:701337/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGTGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1267012/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2080177/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2030825/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:90212/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:959485/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2259866/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:266490/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2678191/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:274220/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1452239/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2872875/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:99372/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1260317/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:3263709/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1221841/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1076110/69‑1 (MQ=255) cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1050273/69‑1 (MQ=255) gcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:515332/68‑1 (MQ=255) gTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCGCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:65573/64‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTggtggt < 1:2171677/69‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:111835/51‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:80977/69‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:3436346/69‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:519088/69‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:1536936/69‑1 (MQ=255) gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:1910301/69‑1 (MQ=255) tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1120498/67‑1 (MQ=255) tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1812433/67‑1 (MQ=255) tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1850826/67‑1 (MQ=255) tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1855532/67‑1 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCATGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1238490/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCTCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2772793/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAAt > 1:3107631/1‑62 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1174985/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:338955/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:3373172/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:3272082/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:449732/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:521238/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:457155/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:602282/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:292362/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:213875/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1405221/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2876250/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1416430/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2799774/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1686623/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1782913/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2612941/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2595388/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:713483/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2416433/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:769784/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1878553/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2165578/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2140349/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:889924/1‑66 (MQ=255) gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCGGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:996699/1‑66 (MQ=255) gCGGTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2827964/1‑66 (MQ=255) ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:3248849/69‑1 (MQ=255) ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:3003580/69‑1 (MQ=255) ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:2888901/69‑1 (MQ=255) ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:2524252/69‑1 (MQ=255) ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:1884929/69‑1 (MQ=255) gTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:838935/68‑1 (MQ=255) gTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:1377359/68‑1 (MQ=255) tCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTTCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTa < 1:2356581/68‑1 (MQ=255) gCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggttgt < 1:1375239/36‑1 (MQ=16) gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:749560/69‑1 (MQ=255) gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:2294068/69‑1 (MQ=255) gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:1970336/69‑1 (MQ=255) aCGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:2022986/68‑1 (MQ=255) | AACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTC > minE/1214822‑1214952 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |