| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 99,964 | G→A | 50.3% | I167I (ATC→ATT) | hofC ← | assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 99,964 | 0 | G | A | 50.3% | ‑4.1 / 142.3 | 147 | I167I (ATC→ATT) | hofC | assembly protein in type IV pilin biogenesis, transmembrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/36); new base A (60/14); total (97/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-02 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCAGAACAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTGATTTCACTTTGTCGGTCAACTGACGCTGGGCTTTTTGCTGACGCGCC > minE/99909‑100030 | cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:92532/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg > 1:56620/1‑69 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:3107085/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:2876586/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:1219437/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:1776730/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:1335206/69‑1 (MQ=255) cAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCAAGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:462758/69‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTg < 1:1058807/68‑1 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GCAGAACAAAATGCAGCATTGCCACAACCACCATGATTGCCATCGCTAAAATGATGATGGGATAACGTAACGCTGATTTCACTTTGTCGGTCAACTGACGCTGGGCTTTTTGCTGACGCGCC > minE/99909‑100030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |