| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,223,717 | G→A | 31.7% | T764T (ACG→ACA) | yebT → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,223,717 | 0 | G | A | 31.7% | 76.6 / 44.5 | 88 | T764T (ACG→ACA) | yebT | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/25); new base A (5/23); total (40/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTG > minE/1223661‑1223777 | gATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGTATCGGTACACCTGTGCTGtt > 1:164165/1‑68 (MQ=255)gATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGTATCGGTACACCTGTGCTGTTc > 1:2351356/1‑69 (MQ=255)gATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGTATCGGTACACCTGTGCTGTTc > 1:1912703/1‑69 (MQ=255)gATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGTATCGGTACACCTGTGCTGTTc > 1:1816926/1‑69 (MQ=255)gATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCAGGAAGCCGGTTCGTTAGGTATCGGTACACCTGTGCTGTTc > 1:1845780/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:514273/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:644866/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:2823192/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:835511/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:2349916/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:2318052/1‑69 (MQ=255) ttattGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAg > 1:1888213/1‑69 (MQ=255) ttgttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTc > 1:984989/1‑68 (MQ=255) ttgttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTc > 1:2836705/1‑68 (MQ=255) ttgttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTc > 1:2368327/1‑68 (MQ=255) ttgttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTc > 1:149028/1‑68 (MQ=255) gttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCgg < 1:2565510/68‑1 (MQ=255) gttgAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCgg < 1:879413/68‑1 (MQ=255) gcgcCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGt < 1:1153866/68‑1 (MQ=255) gcgcCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGt < 1:100508/68‑1 (MQ=255) gcgcCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGt < 1:1904961/68‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:454360/69‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:3358363/69‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:3313818/69‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:3277224/69‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:2857966/69‑1 (MQ=255) ggAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:1698650/69‑1 (MQ=255) gAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGa > 1:681318/1‑69 (MQ=255) gAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGa > 1:1196839/1‑69 (MQ=255) 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tCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:3278231/59‑1 (MQ=255) tCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:3281935/59‑1 (MQ=255) tCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:593620/59‑1 (MQ=255) tCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:2440360/59‑1 (MQ=255) tCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAgg < 1:1287431/59‑1 (MQ=255) taTCGGTACACC‑‑TGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1102040/67‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTTGGGACATTg < 1:1734880/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:2600058/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:952368/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:576507/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:375848/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1460746/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:3351700/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1436712/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:157060/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1954146/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:904594/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1595776/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:3235961/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:959639/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1242030/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:3100677/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:3046852/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1681935/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:1176698/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:693512/69‑1 (MQ=255) aTCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTCACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:3235882/69‑1 (MQ=255) tCGGTACACCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTAGGTACGGTTACCGGAATGACGCTGGGGACATTg < 1:2223916/68‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACa < 1:2899257/63‑1 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:865226/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:905328/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2620333/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:752833/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:439193/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:401686/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:353139/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:3419214/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:3344329/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2705109/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2605308/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2588500/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2267948/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:2173788/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:1781577/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:1561709/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:1559875/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:1374546/1‑65 (MQ=255) ggTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACAtt > 1:1035752/1‑65 (MQ=255) | GATGGCTTAAGCATTATTGTTGAAGCGCCGGAAGCCGGTTCGTTAGGCATCGGTACGCCTGTGCTGTTCCGTGGTCTGGAAGTCGGTACGGTTACAGGAATGACGCTGGGGACATTG > minE/1223661‑1223777 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |