Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 101,323 | G→C | 57.4% | P173A (CCA→GCA) | hofB ← | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 101,323 | 0 | G | C | 57.4% | 27.7 / 69.4 | 68 | P173A (CCA→GCA) | hofB | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/19); new base C (23/16); total (33/35) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGACATCCAGTGCCTGACCCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTCGACAGTG > minE/101256‑101372 | ttGACATCCAGTGCCTGACCCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGt < 1:2083341/69‑1 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACGACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:736582/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:25210/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:692955/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1998630/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:547338/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2232347/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2477330/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:382121/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2238036/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2630531/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1097511/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2829267/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2894426/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:2926355/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:3168701/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:342800/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:927702/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:69541/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:915945/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1643707/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1404588/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1763569/2‑69 (MQ=255) aaCATCCAGTGCCTGGTTCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGCTaa > 1:1368243/2‑69 (MQ=255) cATCCAGTGCCTGACCCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAg < 1:3191196/68‑1 (MQ=255) cATCCAGTGCCTGACCCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAg < 1:1539165/68‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:3251118/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:1531781/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:2928604/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:3281572/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:3292634/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:3381939/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa > 1:3404862/1‑54 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:344360/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:961644/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:2776630/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:1740050/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:2433681/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa > 1:506903/1‑54 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:2278610/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:845940/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:18000/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa > 1:840622/1‑54 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:1889821/54‑1 (MQ=255) gctgTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCaa < 1:1926013/54‑1 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGATATGAGACGGCGTTTc > 1:375171/1‑69 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGttt > 1:2803584/1‑68 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTc > 1:2670879/1‑69 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTc > 1:203574/1‑69 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTc > 1:661388/1‑69 (MQ=255) acaacCTTAATACCACCCTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTc > 1:2766173/1‑69 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:71543/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1116589/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1308730/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1416549/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:87264/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1796422/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1832253/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:767864/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1967828/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1971466/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:2005271/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:2122490/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:2361673/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:2503465/68‑1 (MQ=255) accaccTTTTCACCACCCCGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:3270080/68‑1 (MQ=255) ttttCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTCGACAGTg > 1:3418320/1‑69 (MQ=255) cGACATGCTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTc < 1:1876769/50‑1 (MQ=255) | TTGACATCCAGTGCCTGACCCACCTGCTGTAACAACCTTAATACCACCTTTTCACCACCCCGACATGGTAAGGTCGCAATACGAAATGAGACGGCGTTTCCTGCCAGTTCGACAGTG > minE/101256‑101372 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |