| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,251,873 | T→A | 100% | T65T (ACA→ACT) | yebC ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,251,873 | 0 | T | A | 75.9% | 41.6 / 10.7 | 29 | T65T (ACA→ACT) | yebC | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/4); new base A (0/22); total (3/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.58e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTCCATGTTTGCATCATCATCACCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGG > minE/1251819‑1251941 | ttCCATGTTTGCATCATCATCACCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCAt > 1:1538611/1‑69 (MQ=255) tttGCATCATCATCACCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTa < 1:3243798/69‑1 (MQ=255) tcatcatcaCCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAg < 1:3265602/68‑1 (MQ=255) tcatcatcaCCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAg < 1:1925590/68‑1 (MQ=255) tcatcatcaCCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAg < 1:617987/68‑1 (MQ=255) ccacGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCcgca > 1:1598616/1‑69 (MQ=255) ccacGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCcgca > 1:348411/1‑69 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3220257/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3117888/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3377559/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3415938/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:423971/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:450379/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:762840/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:800797/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:873891/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:972024/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1353737/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:30262/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2974008/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2833274/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2630888/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2266266/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2213973/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2124761/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1892451/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1825922/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:158898/69‑1 (MQ=255) cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1447811/69‑1 (MQ=255) tgtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCgg < 1:3125061/69‑1 (MQ=255) | TTCCATGTTTGCATCATCATCACCGCCCACACCACGTGCAATTGCGCGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGG > minE/1251819‑1251941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |