| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,251,923 | G→A | 56.1% | L49L (CTG→TTG) | yebC ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,251,923 | 0 | G | A | 56.1% | 18.9 / 72.4 | 91 | L49L (CTG→TTG) | yebC | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/13); new base A (19/32); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.38e-01 | |||||||||||
CGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACCAGCTCACG > minE/1251865‑1251980 | cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3220257/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2213973/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2266266/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2124761/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:873891/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2630888/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2833274/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:2974008/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:30262/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1892451/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1825922/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3117888/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3377559/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:423971/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:972024/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:762840/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:450379/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1353737/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3415938/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:800797/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:1447811/69‑1 (MQ=255)cgGTTCAGAGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:158898/69‑1 (MQ=255) tgtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCgg < 1:3125061/69‑1 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:827668/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:816945/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:432935/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:2694294/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:781396/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:643748/1‑68 (MQ=255) 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gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:909245/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGAGTCCgg > 1:2828919/1‑68 (MQ=255) gtgtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGAACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCgg > 1:704477/1‑68 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1785644/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1911154/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:3372426/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2830051/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1620401/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1360946/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2469076/69‑1 (MQ=255) gtCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:2278551/69‑1 (MQ=255) tCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTAGCGTCCGGATc < 1:1506055/68‑1 (MQ=255) ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCa > 1:938621/1‑67 (MQ=255) ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:479738/1‑68 (MQ=255) ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:1790920/1‑68 (MQ=255) ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:2594662/1‑68 (MQ=255) ttgttAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAg > 1:1972095/1‑68 (MQ=255) cAGTGCTTTATCAATTGCTGCACGCAAACGCGGGTTa < 1:3283206/37‑1 (MQ=12) aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:895889/1‑69 (MQ=255) aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:58265/1‑69 (MQ=255) aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:1032105/1‑69 (MQ=255) aGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcgcg > 1:223596/1‑69 (MQ=255) aGTGCTTTATCCACCGCC‑CACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCAc > 1:1291371/1‑51 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2004987/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2018713/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2515366/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2303773/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:2022595/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:786126/1‑69 (MQ=255) tGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:1170533/1‑69 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACTCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:165951/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCcg > 1:3334156/1‑63 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:2726323/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:883969/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:91328/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:867441/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1831167/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1301022/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGtt > 1:1155020/1‑68 (MQ=255) cTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGt > 1:1037945/1‑67 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:627135/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:358414/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:3046589/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:3016421/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:243534/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:231642/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:1738050/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:1640025/69‑1 (MQ=255) ttATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTAcc < 1:916561/69‑1 (MQ=255) cgccgcACGCAGACGCGGGTTAGGGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACCAGCTCACg < 1:2328281/69‑1 (MQ=255) cgccgcACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACCAGCTCACg < 1:35714/69‑1 (MQ=255) cgccgcACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACCAGCTCACg < 1:875901/69‑1 (MQ=255) | CGGTTCAGTGTGTCACGGGTCATGTTGTTAGACAGTGCTTTATCCACCGCCGCACGCAGACGCGGGTTAGCGTCCGGATCGCCACCGCCCAGCTTAGCCGCGGTTACCAGCTCACG > minE/1251865‑1251980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |