| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 103,122 | T→A | 43.2% | I88I (ATA→ATT) | nadC ← | quinolinate phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 103,122 | 0 | T | A | 43.2% | 32.1 / 100.9 | 95 | I88I (ATA→ATT) | nadC | quinolinate phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/29); new base A (22/19); total (47/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCTTCAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGCC > minE/103060‑103190 | ccTTCAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:356879/68‑1 (MQ=255)ccTTCAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:122072/68‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:2842231/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:2096737/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:3293792/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:140393/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:2435450/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:2409515/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:2801182/64‑1 (MQ=255) cAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCACATTATGGt < 1:1249711/64‑1 (MQ=255) gTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgt < 1:1158975/69‑1 (MQ=255) gTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgt < 1:763343/69‑1 (MQ=255) gTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgt < 1:2467184/69‑1 (MQ=255) gTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgt < 1:1980224/69‑1 (MQ=255) ttCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtc < 1:2086383/69‑1 (MQ=255) tCGAACATGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtcg < 1:2514498/69‑1 (MQ=255) tCGAACATGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtcg < 1:1546108/69‑1 (MQ=255) tCGAACATGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtcg < 1:2982906/69‑1 (MQ=255) tCGAACATGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtcg < 1:2282298/69‑1 (MQ=255) 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tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:2914980/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:2976551/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:3007361/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:379246/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:462045/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:634326/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:922088/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:102118/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:1451302/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:2208753/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:1780937/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtcg > 1:1124264/1‑69 (MQ=255) tCGAACAAGGGTTGATTGGCGTTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATAATGGTGACAtcgtc > 1:2448606/1‑68 (MQ=255) tCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgtcg < 1:805932/69‑1 (MQ=255) aaGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGt < 1:1953641/53‑1 (MQ=255) gattgGCATTGATGACATCGCCGTCTTCCACATGCCAGATTATGGTGACAtcgt < 1:2195872/54‑1 (MQ=255) tgGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa < 1:3414921/68‑1 (MQ=255) gCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCa > 1:600197/1‑69 (MQ=255) gCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCa > 1:898159/1‑69 (MQ=255) gTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCg < 1:2291988/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACCCCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:431838/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:1521359/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3030136/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3102428/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3211607/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:179484/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3282705/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3332127/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3390796/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:1425426/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:401642/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:934272/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:2228151/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:1960767/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:2069940/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:2602790/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:2150886/69‑1 (MQ=255) cATCCACATGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:2411314/69‑1 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:2026850/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:2263902/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:2124640/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:2445734/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:582638/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1328186/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:240386/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:766189/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:824856/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:227197/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1123433/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1810387/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa < 1:2697410/43‑1 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa < 1:3180528/43‑1 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:3141448/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1727668/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1599933/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:2922288/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa < 1:22288/43‑1 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATa > 1:1432281/1‑43 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:1456877/1‑68 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:2805421/1‑68 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:804258/1‑68 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:669029/1‑68 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:2442671/1‑68 (MQ=255) cacaTGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGc > 1:1379705/1‑68 (MQ=255) acaTGCCAGATAATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGtt < 1:3091508/64‑1 (MQ=255) ttATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGc < 1:2622312/69‑1 (MQ=255) ttATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGc < 1:2618127/69‑1 (MQ=255) ttATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGc < 1:1332460/69‑1 (MQ=255) ttATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGc < 1:2307206/69‑1 (MQ=255) ttATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGc < 1:1900399/69‑1 (MQ=255) tATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGcc > 1:2845611/1‑69 (MQ=255) | CCTTCAAGTTCGAACAAGGATTGATTGGCATTGATGACATCGCCGTCATCCACATGCCAGATTATGGTGACATCGTCGCCTGCCAGTTGAATAAACACCTCTTCAACCCAGCGTTTGCCGCAAAAGACGCC > minE/103060‑103190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |