| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,261,587 | T→C | 21.9% | A154A (GCA→GCG) | torY ← | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,261,587 | 0 | T | C | 21.9% | 172.7 / 38.1 | 127 | A154A (GCA→GCG) | torY | TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c‑type subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/58); new base C (11/17); total (52/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAGAATG > minE/1261523‑1261652 | ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:1051863/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:900877/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:87904/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:2645551/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:2642443/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:1009756/1‑69 (MQ=38)ttATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGGCAATCGATACAGGTTTCGCCGTCCTTTTGCGCtt > 1:155823/1‑69 (MQ=38) ggAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:3218238/67‑1 (MQ=255) ggAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:2724578/67‑1 (MQ=255) ggAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:1924152/67‑1 (MQ=255) gAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:1919767/66‑1 (MQ=255) aaaaTGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:2454933/65‑1 (MQ=255) aaTGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTc < 1:2230145/68‑1 (MQ=255) aTGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:3408365/62‑1 (MQ=255) gggCAATGCCTTTATGACAATCGTTACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCa < 1:2542381/60‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:1581090/61‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:2867686/61‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:273507/61‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:1864529/61‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:2004256/61‑1 (MQ=255) ggCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCAtt < 1:1930398/61‑1 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTGCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:452741/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:1589090/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:2797067/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:2278379/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:1498429/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:2147229/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:1673257/1‑69 (MQ=255) gCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTc > 1:164183/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:2689861/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:2778579/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:3355270/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:3289363/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:2132376/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCtt > 1:2875594/1‑43 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:2517097/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:1954025/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:266747/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:2967106/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:3393310/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:1193863/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:46282/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:818002/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:94503/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:1531152/63‑1 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:946690/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:1369245/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:2575002/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:2916045/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:750387/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCa > 1:686259/1‑69 (MQ=255) ccTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCATTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:1591623/63‑1 (MQ=255) tATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACttt > 1:974629/1‑69 (MQ=255) tATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACttt > 1:1871243/1‑69 (MQ=255) tATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACttt > 1:641426/1‑69 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:3201718/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:2110960/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:3407943/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:1854315/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:1972612/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:711717/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:872618/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:1167448/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:1360/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:887144/69‑1 (MQ=255) aTCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:242549/69‑1 (MQ=255) tCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGc < 1:1285627/68‑1 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa < 1:795130/69‑1 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:1954731/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:1163729/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa < 1:3293300/69‑1 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:2119464/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:124176/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:3216152/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:3172832/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:1407549/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:2479872/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa < 1:1308617/69‑1 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa > 1:2820316/1‑69 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCaa < 1:2326376/69‑1 (MQ=255) cGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCa > 1:2382339/1‑68 (MQ=255) aCAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATc < 1:2532879/69‑1 (MQ=255) aCAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATc < 1:468206/69‑1 (MQ=255) aCAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATc < 1:2342033/69‑1 (MQ=255) ttCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCa < 1:3156575/40‑1 (MQ=255) cTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAg < 1:152493/68‑1 (MQ=255) cTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAg < 1:1720612/68‑1 (MQ=255) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGTGGCAATATCCATg < 1:2461713/55‑1 (MQ=255) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:2813530/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:2763150/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:1671270/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:3197570/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:386739/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:2948907/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:3051047/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:3091505/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:3128263/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:2426670/55‑1 (MQ=39) ttGCGCTTTATTATGCATCTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATg < 1:20574/55‑1 (MQ=38) tgtgCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAGAATg > 1:2279123/1‑68 (MQ=255) | TTATTTCTGGCGGAAAATGGGCAATGCCTTTATGACAATCGATACAGGTTTCGCTGTCCTTTTGTGCTTTGTTATGCATTTTCTGCGCAGATTCACTTTGCGAGGCAATATCCATGGCATCAAAAGAATG > minE/1261523‑1261652 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |