| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,266,736 | G→A | 39.1% | intergenic (+57/+5) | tyrP → / ← yecA | tyrosine transporter/conserved metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,266,736 | 0 | G | A | 39.1% | 42.9 / 48.9 | 79 | intergenic (+57/+5) | tyrP/yecA | tyrosine transporter/conserved metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/24); new base A (12/19); total (36/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAGG > minE/1266669‑1266791 | aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:103328/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:650777/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:562807/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:3228035/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:3219335/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:299558/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:2431630/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:2356947/69‑1 (MQ=255)aaGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGc < 1:2132371/69‑1 (MQ=255) ggggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCctc > 1:966110/1‑68 (MQ=255) ggggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCctc > 1:76256/1‑68 (MQ=255) ggggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCctc > 1:374775/1‑68 (MQ=255) ggggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCctc > 1:1576139/1‑68 (MQ=255) ggggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCctc > 1:1425681/1‑68 (MQ=255) gggTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCtt < 1:3430604/69‑1 (MQ=255) tGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCtt < 1:3078441/66‑1 (MQ=255) gATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTaa > 1:1517710/1‑67 (MQ=255) gATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTaa > 1:3070261/1‑67 (MQ=255) gATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTaa > 1:2033512/1‑67 (MQ=255) gATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTaa > 1:1204668/1‑67 (MQ=255) gATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTa > 1:2247027/1‑66 (MQ=255) cAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgca > 1:1622416/1‑68 (MQ=255) cAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgca > 1:3330402/1‑68 (MQ=255) cAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgca > 1:191901/1‑68 (MQ=255) cAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgca > 1:2758344/1‑68 (MQ=255) aTAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggc > 1:1013900/1‑68 (MQ=255) aTAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggc > 1:3225773/1‑68 (MQ=255) aTAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggc > 1:3052989/1‑68 (MQ=255) aTAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggc > 1:1087635/1‑68 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:1947056/69‑1 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:2987968/69‑1 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:3082476/69‑1 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:594689/69‑1 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:2535725/69‑1 (MQ=255) tAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCCCTTAATgcaggcag < 1:321875/69‑1 (MQ=255) ccTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCAc > 1:228766/1‑69 (MQ=255) ccTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCAc > 1:3317673/1‑69 (MQ=255) aaaTTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATgcaggcag < 1:1274716/62‑1 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGGCACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:1508689/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAAt > 1:2883203/1‑43 (MQ=38) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:2508302/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:3325995/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:1229540/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:3341517/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:1869944/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:2390789/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:2370968/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:2948058/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:2275866/1‑68 (MQ=255) tGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCtt > 1:1275565/1‑68 (MQ=255) aGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAc < 1:2298912/68‑1 (MQ=255) aGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAc < 1:2131197/68‑1 (MQ=255) aGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAc < 1:1086818/68‑1 (MQ=255) aGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAc < 1:2464634/68‑1 (MQ=255) aGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAc < 1:1392801/68‑1 (MQ=255) aTTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTAccacg > 1:2245356/1‑66 (MQ=255) aTTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa > 1:2993251/1‑69 (MQ=255) aTTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa > 1:2783186/1‑69 (MQ=255) aTTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa > 1:2579462/1‑69 (MQ=255) gACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAgg < 1:2827329/69‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:437006/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:874082/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:493270/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:411586/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:942084/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:354208/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:2888914/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:3427939/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:3257770/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:1261488/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:3040508/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:1560159/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:2722019/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:2707889/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:2685053/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:2217228/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:1741677/60‑1 (MQ=255) gACACCCAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:1572719/60‑1 (MQ=255) gACACACAATGTGACCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCa < 1:1947576/60‑1 (MQ=255) | AAGTGGGGTGATCAGATAGCCTCAAATTCCTTATTGGGTGCCAGAATTAACGCTGACACCCAATTTGGCCTCTTAATGCAGGCAGCACTGCTTAAATTTCTTACCACTACCGCACGGGCAAGG > minE/1266669‑1266791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |